员工休年假期间，用人单位是不应扣除其绩效奖金的。这一结论是基于我国一系列法律法规对劳动者合法权益的明确保护。

首先，从法律依据上来看：

1. 《职工带薪年休假条例》第二条明确规定，职工连续工作1年以上即享受带薪年休假，且年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。这里的“工资收入”是广义的，自然包括了绩效奖金作为工资组成部分的部分，因此不应被扣除。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》第四条强调，涉及劳动报酬等切身利益的规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这意味着，如果用人单位想要扣减休年假期间的绩效工资，必须确保这一规定经过了合法程序制定，并且已经明确告知了劳动者，否则该规定是无效的。

3. 《中华人民共和国劳动法》第五十一条也规定，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。年休假作为法定休假日之一，劳动者在此期间自然应享受正常的工资待遇，包括绩效奖金。

4. 《关于工资总额组成的规定》更是明确指出，奖金是工资总额的一部分，而绩效奖金作为奖金的一种形式，同样受到法律的保护，不应在职工休年假期间被扣除。

其次，从绩效工资的性质与发放原则来看：

绩效工资是以职工的劳动成果为依据支付劳动报酬的工资制度，其发放应与职工的绩效考核结果挂钩，而非出勤情况。职工在年休假期间虽然并未提供劳动，但按照法律规定，他们应享受与正常工作期间相同的工资收入，这自然包括了绩效工资。

最后，如果在实际操作中遇到了用人单位扣减休年假期间绩效奖金的情况，劳动者应首先与用人单位进行沟通协商，要求其纠正不合理做法。如果协商不成，劳动者可以向劳动行政部门投诉，或者通过劳动争议调解委员会进行调解。在必要情况下，劳动者还可以依法申请仲裁或提起诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，员工休年假期间是不应被扣除绩效奖金的，这是基于法律法规对劳动者合法权益的明确保护。用人单位应严格遵守相关法律法规，保障职工的合法权益。