结论：非法营运的商务车非法收入达到五万元，并不一定直接按非法经营罪处理，需结合具体情形判断。以下从不同角度进行分析：
非法经营罪的构成要件
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条的规定，非法经营罪是指违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的行为：
- 未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；
- 买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；
- 未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；
- 其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
- 在非法营运的商务车案件中，若该行为并未涉及上述专营、专卖物品、限制买卖物品、经营许可证或批准文件的买卖，也未涉及证券、期货、保险业务或资金支付结算业务，则需判断是否属于“其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为”。
非法营运与非法经营罪的关系
- 非法营运通常指的是未取得相关营运许可而擅自从事营运活动的行为，这主要违反的是交通运输管理方面的规定。
- 非法经营罪则更侧重于对市场秩序的扰乱，要求行为具有严重的社会危害性，并且通常与特定的经营行为或商品相关。
- 因此，并非所有非法营运行为都构成非法经营罪。只有当非法营运行为严重扰乱了市场秩序，且符合非法经营罪的其他构成要件时，才可能被认定为非法经营罪。
非法收入五万元是否构成“情节严重”
- 非法经营罪的成立还要求行为达到“情节严重”的程度。对于“情节严重”的判断，通常需要考虑非法经营的数额、持续时间、对市场秩序的影响程度等因素。
- 非法收入五万元虽然是一个具体的数额，但仅凭这一数额并不能直接判断是否构成“情节严重”。还需要结合其他因素，如非法营运的持续时间、是否多次被查处、是否造成了严重的社会影响等。
可能的法律后果
- 如果非法营运的商务车行为被认定为非法经营罪，那么根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能会面临有期徒刑、拘役、罚金等刑事处罚。
- 如果行为不构成非法经营罪，但违反了交通运输管理方面的规定，那么可能会面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、吊销营运许可证等。
建议：
- 对于非法营运的商务车行为，建议首先咨询专业律师，了解具体的法律风险和可能的法律后果。
- 如果行为已经涉嫌非法经营罪，应尽快配合调查，积极退赃，争取从轻或减轻处罚。
- 在未来的经营活动中，应严格遵守相关法律法规，取得必要的营运许可，避免再次陷入法律风险。
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