结论：九几年进过监狱但未满十八周岁且相关记录被封存的，一般情况下不算有通常意义上的“案底”，但在特定司法程序或特定情况下，该记录仍可能被查询或使用。

分析说明：

1. “案底”的通常理解：

   • 在日常语境中，“案底”通常指的是一个人因犯罪行为而被司法机关记录在案的犯罪记录。这种记录往往会对个人的社会评价、就业、升学等方面产生负面影响。

2. 未成年人犯罪记录的封存制度：

   • 根据我国相关法律规定，对于未成年人犯罪，如果犯罪时不满十八周岁，且被判处五年有期徒刑以下刑罚的，其犯罪记录应当予以封存。封存的目的在于保护未成年人的隐私和未来发展，避免其因一时的错误而长期受到社会歧视。
   • 封存后的犯罪记录，一般情况下不会对外公开，也不会在普通的背景调查中被查询到。因此，从这一角度来看，九几年进过监狱但未满十八周岁且相关记录被封存的，不算有通常意义上的“案底”。

3. 特定情况下的查询和使用：

   • 尽管犯罪记录被封存，但在特定司法程序或特定情况下，如涉及再次犯罪、司法机关办案需要等，该记录仍可能被查询或使用。这是为了维护司法公正和社会安全，确保对犯罪行为的准确认定和有效打击。
   • 此外，如果未成年人犯罪后，在成年后又因犯罪行为被追究刑事责任，其未成年时的犯罪记录也可能在量刑时作为考量因素之一。

法律建议：

• 对于您的情况，如果犯罪记录已经被依法封存，那么在日常的生活和工作中，您无需过分担心该记录对您的影响。
• 但是，您也应该认识到，犯罪记录的封存并不意味着您可以完全摆脱过去的阴影。在未来的生活中，您应该更加珍惜机会，遵守法律法规，努力成为一个对社会有用的人。
• 如果您在就业、升学等方面遇到因犯罪记录封存而产生的疑问或困扰，建议及时咨询专业律师或相关机构，以获取更具体的法律建议和帮助。

特殊场景说明：

• 在申请某些特定职业或职位时，如公务员、律师、教师等，可能需要提供无犯罪记录证明。在这种情况下，您应该向相关部门说明您的情况，并按照规定提供相应的证明材料。
• 如果您在未来再次涉及法律纠纷或犯罪行为，司法机关在办案过程中可能会查询到您未成年时的犯罪记录。因此，您应该时刻保持警惕，遵守法律法规，避免再次陷入法律困境。