核心结论：一日内在高速上两次违章被扣40分，需通过参加交通安全学习、考试及接受可能的行政处罚来处理，同时需关注驾驶证状态及后续的合法驾驶问题。以下是详细说明：

1. 接受处罚与扣分处理：

   • 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的规定，驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分以上的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。因此，您因一日内的两次违章被扣40分，显然已经远超12分的界限，您的驾驶证将被扣留。
   • 您需要按照交通管理部门的指示，在规定的时间内到指定的地点接受处罚，这通常包括缴纳罚款等。

2. 参加交通安全学习与考试：

   • 在驾驶证被扣留后，您需要在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
   • 学习完成后，您还需要参加道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。

3. 关注驾驶证状态与后续驾驶：

   • 如果您在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上的，车辆管理所还应当在道路交通安全法律、法规和相关知识考试合格后十日内对其进行道路驾驶技能考试。这意味着，您可能还需要接受额外的驾驶技能考试。
   • 在处理完所有违章和考试后，您需要关注驾驶证的状态，确保它已经被正常发还，并且没有其他的限制或吊销情况。此后，您应更加注意遵守交通规则，避免再次违章，因为再次累积记分达到一定标准可能会面临更严重的处罚，如吊销驾驶证等。

4. 特殊情况与建议：

   • 如果您对违章事实有异议，可以在接到处罚通知书后的一定期限内（通常是60日内）向作出处罚决定的上一级机关申请行政复议，或者在三个月内直接向人民法院提起行政诉讼。
   • 鉴于您的违章情况较为严重，我建议您在处理完当前违章后，寻求专业的驾驶培训或咨询，以提高自己的驾驶技能和交通安全意识，从而避免未来再次发生类似的违章行为。

总结与提醒：一日内在高速上两次违章被扣40分是一个严重的交通违法行为，需要您认真对待并积极处理。请务必按照交通管理部门的指示接受处罚、参加学习和考试，并关注驾驶证的状态和后续的合法驾驶问题。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。