在高速公路上两次分别被扣6分，将面临累计扣分达到12分的处罚，具体处罚措施及流程如下：

1. 累计扣分与处罚依据：

   • 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》及相关法规，驾驶人在一个记分周期内（通常为12个月）累计扣分达到12分的，将面临一系列处罚措施。
   • 高速公路上的违法行为，如超速、违规变道等，若每次被扣6分，两次则累计扣12分。

2. 具体处罚措施：

   • 暂扣驾驶证：公安机关交通管理部门将依法扣留其机动车驾驶证。
   • 参加学习与考试：驾驶人需在规定时间内（通常为15日内）到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期7日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。学习结束后，需参加科目一考试。
   • 考试合格与清分：考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
   • 拒不参加学习与考试的后果：若驾驶人拒不参加公安机关交通管理部门通知的学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。

3. 特殊情况与注意事项：

   • 一个记分周期内两次以上达到12分：若驾驶人在一个记分周期内两次以上达到12分的，除了参加上述学习与考试外，车辆管理所还将在科目一考试合格后10日内对其进行道路驾驶技能考试（即科目三考试）。
   • 记分周期的计算：记分周期自机动车驾驶人初次领取机动车驾驶证之日起连续计算，或者自初次取得临时机动车驾驶许可之日起累积计算。
   • 及时处理违法行为：驾驶人应及时处理交通违法行为，缴纳罚款，以避免因逾期未处理而导致更严重的后果，如滞纳金、强制执行等。

4. 建议与提醒：

   • 遵守交通规则：驾驶人在高速公路上行驶时，应严格遵守交通规则，避免超速、违规变道等违法行为，以减少扣分和罚款的风险。
   • 定期查询记分情况：驾驶人应定期查询自己的记分情况，及时了解自己的驾驶记录，以便及时纠正不良驾驶习惯。
   • 及时处理违法行为：一旦收到交通违法通知，驾驶人应及时处理，避免因逾期未处理而导致更严重的后果。