企业一般不可以自行颁发企业二等功，因为这通常属于国家或政府层面的荣誉授予范畴，而非企业自主行为。以下是对此问题的详细分析：

一、荣誉授予的法定性

荣誉授予，特别是涉及“功勋”或“等级”的荣誉，通常具有法定性和权威性。这类荣誉的授予往往由国家或政府相关部门根据法律法规和特定程序进行，以确保其公正性、权威性和严肃性。企业作为市场主体，虽然可以设立内部奖励机制以激励员工，但这种奖励通常不具有国家或政府层面的法定效力，也不应与国家或政府设立的荣誉相混淆。

二、企业自主奖励与法定荣誉的区别

1. 性质不同：企业自主奖励是企业内部管理行为，旨在激励员工、提升团队凝聚力和工作效率；而法定荣誉则是由国家或政府授予的，具有更高的社会认可度和权威性。
2. 授予主体不同：企业自主奖励的授予主体是企业本身；而法定荣誉的授予主体则是国家或政府相关部门。
3. 授予程序不同：企业自主奖励的授予程序通常较为简单，由企业内部决定；而法定荣誉的授予则需要遵循严格的法律法规和特定程序，包括提名、审核、公示等环节。

三、企业设立内部奖励的建议

虽然企业不能自行颁发具有国家或政府层面效力的荣誉，但可以设立内部奖励机制以激励员工。这些奖励可以包括奖金、晋升机会、培训机会、荣誉称号等。在设立内部奖励时，企业应注意以下几点：

1. 合法合规：确保内部奖励机制符合相关法律法规和政策要求，避免违法违规行为。
2. 公平公正：确保奖励的授予过程公平公正，避免主观偏见和不当干预。
3. 激励有效：根据员工的实际贡献和表现设立奖励，确保奖励能够真正起到激励作用。
4. 透明公开：将奖励机制、评选标准和结果透明公开，增强员工的信任感和归属感。

四、可能的法律后果

如果企业擅自设立并颁发具有国家或政府层面效力的荣誉，如“企业二等功”，可能会面临以下法律后果：

1. 行政处罚：相关政府部门可能对企业进行行政处罚，包括罚款、责令改正等。
2. 法律纠纷：如果企业的行为侵犯了他人的合法权益或违反了相关法律法规，可能会引发法律纠纷和诉讼。
3. 声誉损害：企业的行为可能损害其声誉和形象，影响其在市场上的竞争力和信誉度。

综上所述，企业一般不可以自行颁发企业二等功。如果企业希望激励员工，可以设立内部奖励机制，但应确保合法合规、公平公正、激励有效和透明公开。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。