公司替自然人代持股权是否需要经过自己公司股东大会同意，这主要取决于公司章程的规定以及相关法律法规的要求，但通常情况下，涉及公司重大权益变动的事项，建议经过股东大会同意以确保合规性和减少潜在风险。以下从不同角度进行分析：
一、公司章程的规定
公司自治原则：根据《公司法》及相关法律法规，公司章程是公司内部的“宪法”，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。因此，公司是否需要就代持股权事宜经过股东大会同意，首先应查看公司章程的具体规定。
章程未规定时的处理：如果公司章程未明确规定代持股权需要经过股东大会同意，那么从法律层面而言，并非绝对需要。但考虑到代持股权可能涉及公司权益的变动、股东权益的调整等重大事项，从公司治理和风险防控的角度出发，建议公司通过股东大会或董事会等内部决策机构进行审议和决策。
二、法律法规的要求
一般规定：目前，我国法律法规并未明确规定公司代持自然人股权必须经过股东大会同意。然而，代持股权行为可能涉及公司股权结构的变动、股东权益的调整等，这些事项通常属于公司重大决策范畴。
特殊行业或情况：在某些特殊行业或情况下，如金融、保险等，监管机构可能对代持股权行为有更为严格的规定和要求。此时，公司应严格遵守相关监管规定，确保代持股权行为的合法性和合规性。如果监管规定要求代持股权需经过股东大会同意，则公司必须遵守。
三、实践建议
完善公司章程：为避免潜在的法律风险和纠纷，建议公司在章程中明确规定代持股权的相关事宜，包括是否需要经过股东大会同意、代持股权的期限、代持股权的权益归属等。
加强内部决策程序：即使公司章程未明确规定代持股权需要经过股东大会同意，公司也应加强内部决策程序，确保代持股权行为的合法性和合规性。例如，可以通过董事会决议、股东会决议等方式对代持股权事宜进行审议和决策。
签订代持协议：公司与自然人之间应签订详细的代持协议，明确双方的权利义务、代持股权的期限、代持股权的权益归属等事项。这有助于减少潜在的法律纠纷和风险。
关注监管动态：公司应密切关注相关监管机构的动态和规定，确保代持股权行为符合监管要求。如果监管规定发生变化或出台新的要求，公司应及时调整代持股权行为以确保合规性。
综上所述，虽然法律法规并未明确规定公司代持自然人股权必须经过股东大会同意，但考虑到代持股权可能涉及公司重大权益变动的事项，建议公司根据自身情况和相关法律法规的要求，通过股东大会或董事会等内部决策机构进行审议和决策。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。