公司与个体户签订合同，主要存在以下风险：

1. 合同主体资质风险：

   • 资质瑕疵：个体户的营业执照、税务登记证等证件可能超过有效期或未经年检，甚至可能未取得必要的生产许可证或特殊产品经营许可证。这些资质瑕疵可能导致合同效力存在瑕疵，甚至使合同无效。
   • 民事行为能力：签订合同的个体户可能不具备相应的民事行为能力，如未成年人或精神疾病患者等，这将直接影响合同的法律效力。

2. 超越经营范围风险：

   • 个体户可能签订与其经营范围不符的合同，或者不具备相应的有效资格、特许经营许可证等。这种情况下，合同可能因违反法律法规而无效，给公司带来损失。

3. 代理行为瑕疵风险：

   • 无权代理：如果与个体户签订合同的是无民事行为能力人，或者法定代表人签字不真实（如存在代签行为），则合同可能因无权代理而无效。
   • 授权瑕疵：个体户的委托代理人可能持有的授权书不真实、不具备代理权限或超过有效期。此外，对于额度巨大的合同或其他重要事项，如果未取得公司董事会或股东会的相应决议文件，也可能导致合同无效或产生纠纷。

4. 税务与社保风险：

   • 税务合规：个体户可能未按照税法规定开具发票或申报纳税，导致公司面临税务风险。例如，如果个体户代开发票被认定为虚开发票，公司将面临补缴税款和罚款的风险。
   • 社保缴纳：如果公司与个体户之间的关系被认定为劳动关系（尽管签订的是合作协议），而公司未为其缴纳社保，则可能面临补缴社保、支付未签劳动合同的2倍工资差额赔偿等法律后果。

5. 劳动关系认定风险：

   • 即使公司与个体户签订的是合作协议或劳务合同，但如果实际接受公司的考勤管理、按月领取固定报酬等，可能被认定为存在事实劳动关系。这将使公司面临补缴社保、支付加班费差额、行政处罚等风险。

6. 业务分包与连带责任风险：

   • 如果公司将业务分包给无资质的个体户或平台，一旦出事后（如欠薪、工伤等），公司可能因选任过失责任而被判承担连带责任。例如，即使签订了三方协议，公司也可能因未审查外包方资质而被判赔偿伤残补助金或工亡补助金。

法律建议：

• 尽职调查：在与个体户签订合同前，应对其资质、经营范围、代理权限等进行尽职调查，确保其具备签订和履行合同的能力。
• 明确合同条款：在合同中明确双方的权利义务、违约责任、争议解决方式等条款，避免模糊不清的表述。
• 合规管理：避免对个体户进行员工式管理（如指定工作时间和地点、要求参加公司会议等），以免被认定为存在事实劳动关系。
• 购买保险：对于可能涉及工伤等风险的业务，应购买相应的雇主责任险等保险产品，以降低公司的风险敞口。

如有具体合同或业务场景需要进一步分析，请直接向我咨询。