结论：未经合法程序，让他人擅自更改保险单性质以办理营运证的行为，属于违法行为，可能面临行政处罚甚至刑事责任。以下从不同角度展开分析：

1. 保险单性质更改的合法性

保险单性质（如非营运车辆保险改为营运车辆保险）的更改需符合保险合同约定及《保险法》规定。若通过伪造材料、虚假陈述等手段更改保险单性质，属于保险欺诈行为，违反《保险法》第174条，可能面临罚款、吊销保险业务许可证等处罚。

2. 营运证办理的合规性

根据《道路运输条例》，办理营运证需车辆符合营运条件（如车辆类型、技术标准等），并提交真实有效的证明材料。若通过篡改保险单性质等虚假手段办理营运证，属于提供虚假材料申请行政许可，违反《行政许可法》第69条，可能导致营运证被撤销，并面临行政处罚。

3. 民事责任与合同效力

若保险单性质更改导致保险合同无效或部分无效，根据《民法典》第154条，行为人与相对人恶意串通损害他人合法权益的民事法律行为无效。保险公司可能拒绝赔付，且您需承担因合同无效产生的损失赔偿责任。

4. 刑事责任风险

若行为涉及伪造国家机关公文、证件（如伪造保险单、营运证），可能触犯《刑法》第280条，构成伪造国家机关公文、证件罪，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

5. 实务建议

• 合法办理：确保车辆符合营运条件，按程序提交真实材料办理营运证及保险变更。
• 风险自查：若已通过非正规手段办理，建议立即纠正，避免损失扩大。
• 法律救济：如面临行政处罚或刑事调查，及时委托律师介入，维护合法权益。

总结：擅自更改保险单性质办理营运证的行为，不仅违反保险、行政许可相关法律法规，还可能引发民事赔偿及刑事责任。建议严格遵守法定程序，避免法律风险。如有具体案件或疑问，可进一步向我咨询。