公司使用非备案公章给商家开具出厂证明，在打官司时的有效性需分情况讨论：

1. 公章的真实性与使用意图：

   • 若该非备案公章确为公司所有，且公司确实授权使用此公章进行出厂证明的开具，同时该行为未违反法律法规或公司章程，那么从公章的真实性和使用意图上看，该出厂证明在法律上可能被视为有效。但需注意，由于未备案，其证明力可能受到一定质疑，特别是在对方提出异议时。
   • 若公章非公司所有，或公司未授权使用此公章，或使用行为违反了法律法规或公司章程，那么该出厂证明在法律上将被视为无效。此时，公司可能面临法律责任，包括但不限于因伪造公章或滥用公章而承担的民事责任或刑事责任。

2. 法律后果与证据效力：

   • 在诉讼中，非备案公章的出厂证明可能被视为证据，但其证据效力将受到严格审查。法院将综合考虑公章的真实性、使用意图、交易习惯、行业惯例以及双方当事人的陈述和证据等因素，来判断该出厂证明是否具有证明力。
   • 若对方提出异议，并能够提供相反证据证明该出厂证明存在瑕疵或虚假，那么该出厂证明可能不会被法院采纳作为认定案件事实的依据。此时，公司可能因无法提供有效证据而承担不利后果。

3. 建议与风险防范：

   • 加强公章管理：公司应建立健全公章管理制度，明确公章的保管、使用、审批等流程，确保公章的安全和合法使用。对于非备案公章，更应严格控制其使用范围和审批程序。
   • 及时备案公章：对于公司常用的公章，应及时向相关部门进行备案，以提高其法律效力和证明力。
   • 谨慎开具证明：在开具出厂证明等文件时，应确保使用备案公章，并严格按照公司规定和法律法规进行操作。若因特殊原因需使用非备案公章，应事先征得公司同意，并保留相关证据以备查证。
   • 寻求法律帮助：若公司在使用非备案公章过程中遇到法律问题或纠纷，应及时寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。

总结来看，公司使用非备案公章给商家开具出厂证明，在打官司时的有效性并非绝对，而是取决于公章的真实性、使用意图、法律后果以及证据效力等多个因素。因此，公司应谨慎使用非备案公章，并加强公章管理和风险防范意识。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。