结论：一般情况下，工商银行当天存款进去第二天才扣款不算逾期，但需结合具体业务类型、合同约定以及是否满足最低还款要求等因素综合判断。以下分情况详细说明：

1. 信用卡还款场景
   若涉及信用卡还款，银行通常设定“还款日”为最后还款期限。根据《商业银行信用卡业务监督管理办法》第六十一条，持卡人需在到期还款日前偿还最低还款额，否则视为逾期。

   • 若存款时间导致未按时偿还最低还款额：例如还款日为T日，持卡人于T日存款但银行次日（T+1日）扣款，若T日账户余额不足最低还款额，即使T+1日扣款成功，仍可能因T日未达标被认定为逾期，产生违约金及征信不良记录。
     
   • 若存款时间不影响最低还款额偿还：若T日存款后账户余额已足够覆盖最低还款额，即使银行次日扣款，因还款义务已在T日通过存款行为履行，通常不构成逾期。

2. 贷款还款场景
   对于房贷、消费贷等贷款业务，银行一般约定“扣款日”为固定日期（如每月5日），并要求借款人于扣款日前将足额资金存入还款账户。

   • 若存款时间导致扣款日账户余额不足：例如扣款日为T日，借款人于T日存款但银行次日（T+1日）扣款，若T日账户余额不足，即使T+1日扣款成功，银行仍可能依据合同约定认定T日为逾期起始日，并计收罚息、上报征信。
     
   • 若存款时间不影响扣款日账户余额：若借款人于扣款日前（如T-1日）已存入足额资金，即使银行因系统原因于T+1日扣款，因还款义务已通过提前存款履行，通常不构成逾期。

3. 合同约定优先原则
   根据《民法典》第四百六十五条，合同双方权利义务以书面约定为准。若借款合同或信用卡章程明确约定“还款以银行实际扣款时间为准”，则即使借款人于还款日存款，若银行次日扣款导致未按时足额还款，仍可能被认定为逾期；反之，若合同约定“还款以借款人存款时间为准”，则存款行为完成即视为履行还款义务，不因扣款时间延迟而构成逾期。

建议：

• 立即核对借款合同或信用卡章程中关于“还款时间认定”的条款，明确银行以存款时间还是扣款时间为准；
  
• 若因银行系统延迟扣款导致逾期，可向银行提供存款凭证（如转账记录、账户流水），申请撤销逾期记录；
  
• 后续还款时，建议提前1-2日将资金存入还款账户，避免因时间差导致不必要的纠纷。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体业务类型及合同条款，我将结合实务经验为您详细分析。