结论：是否算逾期需分情况讨论，关键在于贷款合同中关于“扣款时间”及“逾期认定”的具体条款约定。以下分情况详细说明：

1. 若合同明确约定“扣款日当天需在特定时间前存入款项，否则视为逾期”

• 核心逻辑：银行与借款人之间的权利义务以合同为准。若合同明确要求“必须在下午5点前存入款项，否则视为逾期”（例如约定“扣款日17:00前未足额存入即构成违约”），则即使您在5点前存入，但因银行系统延迟至6点扣款，仍可能被认定为逾期。
• 法律依据：根据《民法典》第465条，依法成立的合同对当事人具有法律约束力。若合同条款清晰，银行有权依据约定主张逾期责任（如收取罚息、上报征信等）。
• 例外情形：若您能证明银行系统故障或操作延误导致扣款失败（如提供存款凭证、银行系统故障通知等），可尝试与银行协商免除逾期责任，但需以银行认可为准。

2. 若合同未明确约定“扣款时间”或仅约定“扣款日当天存入即可”

• 核心逻辑：若合同仅要求“在扣款日当天存入足额款项”，未限定具体时间，则您在下午5点前存入的行为已履行合同义务。银行因自身原因（如系统处理延迟）未及时扣款，不应归责于您，不构成逾期。
• 法律依据：根据《民法典》第509条，当事人应按照约定全面履行义务。银行作为扣款义务方，未在合理时间内完成扣款，属于自身履约瑕疵，无权主张您违约。
• 实践建议：若银行后续主张逾期，您可要求银行提供扣款失败的具体原因（如系统日志、操作记录等），并依据合同条款抗辩。

3. 特殊情形：自动扣款与主动还款的区分

• 若您通过银行自动扣款功能还款：需关注合同是否约定“自动扣款时间为特定时段”（如“每日17:00-18:00批量扣款”）。若您在5点前存入，但扣款时段未覆盖5点至6点，可能因未进入扣款流程导致失败。此时需结合合同条款判断责任。
• 若您主动操作还款（如网银转账）：只要款项在5点前到账（以银行系统记录为准），即视为履行还款义务，银行延迟扣款不影响逾期认定。

总结与建议

1. 立即查阅贷款合同：重点查看“还款条款”中关于“扣款时间”“逾期认定”的约定，这是判断责任的关键依据。
2. 保留证据：保存存款凭证、扣款失败通知、合同文本等材料，以备后续争议时使用。
3. 与银行沟通：若被认定逾期，可要求银行出具书面说明，明确逾期原因及责任归属。若银行坚持主张违约，您可依据合同条款及法律规定提出异议。

如有进一步疑问或需具体分析合同条款，可直接向我咨询。