结论：开店申报没有纸质合同的情况下，可以使用电子合同，但需确保电子合同符合法律规定的要件，具备法律效力。以下从多个角度进行详细分析：
一、电子合同的法律效力基础
根据《中华人民共和国民法典》第四百六十九条的规定，当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。因此，电子合同作为数据电文的一种，只要满足法律规定的要件，即具有与纸质合同同等的法律效力。
二、电子合同的有效要件
为确保电子合同的有效性，需满足以下要件：
- 真实意思表示：双方当事人在签订电子合同时，应确保是真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 内容合法合规：电子合同的内容应符合法律法规的规定，不得违反公序良俗或损害国家、社会公共利益。
- 具备可识别性：电子合同应能够清晰地识别双方当事人的身份、合同内容、签订时间等关键信息。
- 保存完整可调取：电子合同应妥善保存，确保在需要时能够随时调取查用，且内容未被篡改。
三、开店申报中使用电子合同的注意事项
在开店申报过程中使用电子合同，还需特别注意以下几点：
- 选择可靠的电子合同平台：为确保电子合同的安全性和有效性，建议选择经过权威机构认证、具备完善技术保障和法律服务的电子合同平台。
- 明确合同条款：在签订电子合同前，应仔细阅读合同条款，确保双方权利义务明确、具体，避免产生歧义或纠纷。
- 保留相关证据：在签订电子合同的过程中，应保留好与合同签订相关的证据，如聊天记录、邮件往来等，以备不时之需。
- 及时履行告知义务：如果开店申报涉及需要向相关部门提交合同作为备案或审批材料的情况，应及时告知相关部门电子合同的使用情况，并按照要求提供必要的协助和配合。
四、电子合同与纸质合同的对比优势
相较于纸质合同，电子合同具有以下优势：
- 便捷性：电子合同可以随时随地在线签订，无需双方当事人面对面交流或邮寄纸质文件，大大提高了签约效率。
- 安全性：电子合同平台通常采用先进的加密技术和安全措施，确保合同内容的安全性和保密性。
- 环保性：电子合同无需使用纸张等物理材料，符合环保理念，有助于减少资源浪费和环境污染。
建议：在开店申报过程中，如果没有纸质合同，可以考虑使用电子合同。但务必确保电子合同符合法律规定的要件，并选择可靠的电子合同平台进行签订。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。