当债务人已经还完款项，但债权人却遗失了借条时，这确实可能给双方带来一些潜在的纠纷风险。不过，别担心，以下是一系列详细且具有深度的建议措施，旨在帮助您妥善处理这一情况：
一、立即确认还款事实
双方书面确认：
- 最直接且有效的方式是，与债权人共同签署一份还款确认书。在这份确认书中，应详细记载债务金额、还款方式（如现金、转账等）、还款时间等关键信息，并由双方签字或盖章。这样，这份确认书就能作为债务已清偿的直接证据。
转账支付并附言：
- 如果您是通过转账方式还款的，那么在转账时，务必在附言中注明款项用途，例如“偿还XX年XX月XX日的借款”。这样，转账记录就能与附言一起，构成完整的还款证据链。
第三人见证：
- 如果还款时有第三人在场，那么可以请这位第三人出具一份书面见证证明。在这份证明中，应详细记录还款的过程，包括时间、地点、方式等，并由第三人签字确认。这样，第三人的见证就能为还款事实提供额外的证明。
二、补充和完善还款证据
要求债权人出具收条：
- 还款后，务必要求债权人出具一份收条。收条中应明确收到还款的金额、时间等具体信息，并由债权人签字或盖章。这样，收条就能作为债权人收到还款的直接证据。
留存电子证据：
- 在与债权人沟通还款事宜时，如果通过电话、短信、微信等通讯方式进行的，那么应确保这些沟通内容清晰、明确，并妥善保存这些电子记录。这些电子记录可以作为辅助证据，进一步证明还款事实。
确保证据合法性与真实性：
- 在搜集证据的过程中，必须确保证据的合法性和真实性。避免使用非法手段获取的证据，因为这样的证据在法律上是不被认可的。
三、与债权人协商解决
友好沟通：
- 与债权人进行坦诚的沟通，说明已经还款的事实，并了解对方丢失借条的具体情况。通过沟通，争取达成共识，共同寻找解决问题的办法。
协商解决方案：
- 在双方同意的情况下，可以考虑签订一份新的协议。在这份协议中，应明确债权债务关系已经结清，并注明原借条丢失且作废。这样，这份新协议就能作为双方债权债务关系已经终结的法律依据。
四、法律救济途径
公证增强效力：
- 为了增强证据的法律效力，债务人可以考虑将还款确认书、收条等证据材料提交至公证部门进行公证。公证后的证据在法律上具有更高的证明力。
提起诉讼：
- 如果双方无法通过协商解决争议，那么债务人可以向人民法院提起诉讼。在诉讼中，请求法院确认已经履行还款义务的事实，并判决驳回债权人的诉讼请求。在提起诉讼前，应准备好所有相关证据材料，以确保在诉讼中能够充分证明自己的主张。
诉讼准备：
- 在提起诉讼前，除了准备好所有相关证据材料外，还应了解诉讼流程和相关法律规定。如果可能的话，可以咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，当债务人还完款项但债权人遗失借条时，应立即采取措施确认还款事实、补充和完善还款证据、与债权人协商解决，并在必要时通过法律途径维护自身合法权益。在整个过程中，务必确保所有证据的合法性和真实性，以有效避免日后可能出现的纠纷。