结论前置：针对公司投资款与部分借款在退股后如何追回的问题，需根据借款性质、证据情况及公司现状，分情况采取法律手段追回。以下是具体分析：

1. 明确借款性质，区分投资与借款

• 若款项性质为借款：需证明该款项与公司投资款无关，属于独立借款关系。例如，借款合同、转账备注“借款”、公司出具的借条等书面证据。若证据充分，可直接以“民间借贷纠纷”为由起诉公司，要求返还借款本金及利息（如有约定）。
• 若款项被混同为投资款：需通过股东协议、公司章程等文件证明借款与投资款的独立性。若无法区分，可能面临借款被认定为投资亏损的风险，此时需结合公司清算程序追偿。

2. 追回借款的法律依据与路径

• 路径一：协商解决
  优先与公司协商，要求签署还款协议并明确还款期限、利息及违约责任。协商需留存书面记录（如邮件、微信），避免口头约定。
• 路径二：民事诉讼
  若协商无果，可向法院提起诉讼，要求公司返还借款。需准备证据：
  
  • 借款合同、转账记录、借条等证明借贷关系；
    
  • 公司财务记录、股东会决议等证明款项未用于投资；
    
  • 公司现状证明（如是否破产、资产情况），以评估执行可行性。
• 路径三：申请强制执行
  若胜诉后公司未履行，可申请法院强制执行，查封、拍卖公司资产（如房产、车辆、股权等）。若公司无财产，可申请将其列入失信被执行人名单，限制高消费。

3. 特殊情形处理

• 公司已注销或破产：
  若公司进入破产程序，需在破产债权申报期内申报借款债权，按破产清偿顺序受偿（通常优先级低于职工工资、税款）。
  若公司未清算即注销，可起诉股东或实际控制人，要求其在未缴出资范围内承担赔偿责任（《公司法》第20条）。
• 借款涉及关联交易或抽逃出资：
  若借款被用于股东抽逃出资，可要求股东在抽逃出资范围内返还借款（《公司法解释三》第12条）。

4. 风险防范建议

• 完善书面协议：未来投资或借款时，务必签署书面合同，明确款项性质、用途及还款条款。
  
• 监控公司财务：作为股东，可通过查阅公司账目、参与股东会等方式，监督款项使用情况。
  
• 及时行使权利：发现公司经营异常时，尽快采取法律措施，避免错过诉讼时效（通常为3年）。

行动建议：立即整理借款证据（合同、转账记录等），评估公司偿债能力，优先协商；若无效，尽快委托律师起诉并申请财产保全。如有进一步问题，可直接向我咨询具体操作方案。