结论：工程诈骗钱退回来了，是否可以申请赔偿，这取决于具体情况。如果诈骗行为造成了除金钱损失以外的其他损害，或者虽然金钱已退回但存在其他损失，那么是可以申请赔偿的。
分析说明：
诈骗行为的性质与后果：
- 工程诈骗通常涉及虚构事实、隐瞒真相等手段，以非法占有为目的，骗取他人财物。这种行为不仅违反了诚实信用原则，还可能触犯刑法，构成诈骗罪。
- 如果诈骗行为已经得逞，但随后诈骗者退还了骗取的金钱，这并不意味着诈骗行为的后果完全消除。因为诈骗行为可能已经给受害者造成了其他损失，如时间成本、商业机会损失、精神损害等。
赔偿的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因侵权行为造成他人损害的，应当承担侵权责任。这包括赔偿因侵权行为造成的直接损失和间接损失。
- 在工程诈骗的情境中，如果诈骗行为导致了受害者的其他损失，受害者有权依据民法典的规定，要求诈骗者承担赔偿责任。
赔偿的申请与认定：
- 受害者需要收集并保存好与诈骗行为相关的证据，如合同、转账记录、聊天记录等，以证明诈骗行为的存在以及造成的损失。
- 受害者可以向公安机关报案，由公安机关进行刑事侦查，并依法追究诈骗者的刑事责任。同时，受害者也可以向法院提起民事诉讼，要求诈骗者承担民事赔偿责任。
- 法院在审理此类案件时，会根据受害者提供的证据，认定诈骗行为的存在以及造成的损失，并依法判决诈骗者承担相应的赔偿责任。
特殊场景：
- 如果诈骗者退还的金钱已经完全覆盖了受害者的直接经济损失，但受害者仍然主张其他间接损失（如精神损害赔偿），这需要根据具体情况和法律规定进行判断。精神损害赔偿通常需要在法律有明确规定且受害者能够证明其精神受到严重损害的情况下才能获得支持。
行动建议：
- 如果您遭遇了工程诈骗，并且虽然诈骗者已经退还了金钱，但您认为还存在其他损失，建议您及时收集并保存好相关证据。
- 您可以向公安机关报案，并咨询专业律师（即我，马海东律师，专注于医疗纠纷、医疗事故赔偿、医疗事故鉴定、医疗损害、合同纠纷、公司事务、建设工程领域）的意见，以了解您的权利和可行的法律途径。
- 根据律师的建议和您的具体情况，您可以决定是否向法院提起民事诉讼，要求诈骗者承担赔偿责任。