事业单位长期使用派遣工是否合法，需分情况讨论：

1. 符合“临时性、辅助性、替代性”岗位原则时合法
   根据《劳动合同法》第六十六条及《劳务派遣暂行规定》第三条，劳务派遣用工仅适用于临时性（存续时间不超过6个月）、辅助性（为主营业务提供支持的非核心岗位）或替代性（因员工脱产学习、休假等原因无法工作，临时由其他劳动者替代）的岗位。若事业单位将派遣工长期用于核心业务岗位（如教师、医生等），则违反法律规定。

2. 超比例使用派遣工可能违法
   《劳务派遣暂行规定》第四条明确，用工单位使用的被派遣劳动者数量不得超过其用工总量的10%。若事业单位派遣工比例超过该标准，即使岗位符合“三性”原则，仍属于违法行为。

3. 未履行民主程序使用辅助性岗位派遣工可能违法
   根据《劳务派遣暂行规定》第三条，用工单位决定使用劳务派遣的辅助性岗位，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并在用工单位内公示。若事业单位未履行上述民主程序，直接将员工归类为辅助性岗位并使用劳务派遣，可能面临法律风险。

法律后果与建议：

• 若事业单位违法使用派遣工，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求单位整改（如转为正式合同或支付赔偿金）。
  
• 实践中，部分事业单位通过“假外包真派遣”规避监管（如将业务外包给劳务公司，但实际管理仍由事业单位负责），此类行为同样可能被认定为违法用工。
  
• 建议劳动者：保留工资条、考勤记录、工作安排等证据，若发现单位违法用工，可先与单位协商，协商不成可申请劳动仲裁。
  
• 建议事业单位：定期自查派遣工岗位性质、比例及民主程序履行情况，避免法律风险。

如有进一步疑问或需具体案例分析，可直接向我咨询。