在甲方卖房给乙方，乙方选择分两次付款的情况下，可以按照以下方式处理，以确保交易的合法性和双方权益的保障：

1. 签订详细的买卖合同：

   • 明确付款时间和金额：合同中应详细规定乙方第一次和第二次付款的具体时间、金额以及付款方式（如银行转账、现金等）。
   • 约定违约责任：为确保乙方按时付款，合同中应明确约定如果乙方未能按时支付任何一期款项，甲方有权采取的措施，包括但不限于要求乙方支付违约金、解除合同并要求乙方赔偿损失等。
   • 产权过户条件：合同中可以约定，在乙方支付完全部房款后，甲方才办理产权过户手续，或者根据双方协商，在乙方支付一定比例房款后，先办理部分产权过户或设定抵押等保障措施。

2. 保留付款凭证：

   • 确保交易可追溯：甲方应要求乙方在每次付款时提供付款凭证，如银行转账记录、收据等，以证明乙方已按约定支付款项。
   • 便于纠纷解决：在发生纠纷时，这些付款凭证将成为证明双方交易情况的重要证据。

3. 考虑设置担保或保证：

   • 增加交易安全性：如果乙方信用状况或支付能力存在不确定性，甲方可以要求乙方提供担保人或抵押物，以确保乙方能够按时支付房款。
   • 明确担保责任：如果设置担保，合同中应明确担保人的责任范围、担保期限以及担保方式等。

4. 及时沟通与协商：

   • 保持信息透明：在交易过程中，双方应保持密切沟通，及时告知对方付款进度、产权过户准备情况等重要信息。
   • 协商解决争议：如果乙方在付款过程中遇到困难或需要延期付款，双方应友好协商，寻求解决方案，避免因此产生不必要的法律纠纷。

5. 遵守相关法律法规：

   • 确保交易合法：双方在进行房屋买卖交易时，应遵守国家相关法律法规，如《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国城市房地产管理法》等，确保交易合法有效。
   • 办理必要手续：根据当地房地产管理部门的要求，双方应及时办理房屋买卖合同备案、产权过户等必要手续。