法院拍卖设备后指定拆除是否合法，需分情况讨论：
若拆除行为基于合法拍卖程序且符合相关法律规定：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在执行过程中有权对被执行人的财产进行拍卖、变卖等处置措施。若设备因涉及案件执行而被拍卖，且拍卖公告或相关法律文书中已明确说明拍卖标的包含设备的拆除权（例如，设备附着于土地或建筑物上，需拆除后方可交付），则法院指定拆除行为通常具有合法性。
- 合法性判断：在此情况下，拆除行为是拍卖程序的一部分，旨在实现拍卖标的的完整交付。只要拍卖程序合法，且拆除行为未违反其他法律法规（如环保、安全等规定），则该行为合法。
若拆除行为缺乏合法依据或违反相关法律规定：
- 缺乏合法依据：若拍卖公告或相关法律文书中未明确说明拍卖标的包含设备的拆除权，或法院在拍卖后未经合法程序擅自决定拆除设备，则该行为可能缺乏合法依据。
- 违反法律规定：即使拍卖程序合法，若拆除行为违反了其他法律法规（如未经许可擅自拆除、违反环保规定等），则该行为仍可能被视为非法。例如，若设备属于特种设备或涉及危险物质，拆除前需取得相关行政主管部门的许可或遵循特定程序，否则可能构成违法。
法律建议：
- 对于买受人：在参与法院拍卖前，应仔细阅读拍卖公告及相关法律文书，了解拍卖标的的具体情况（包括是否包含拆除权）。若对拆除行为存在疑虑，可咨询专业律师或向法院提出询问。
- 对于原设备所有人或相关利害关系人：若认为法院的拆除行为侵犯了其合法权益（如设备价值因拆除而降低、拆除行为违反环保规定等），可依法向法院提出执行异议或申请复议，甚至通过诉讼途径维护自身权益。
可能法律后果：
- 若拆除行为合法，买受人需按照法院指定或拍卖公告的要求完成拆除工作，并承担相应费用。原设备所有人或相关利害关系人需配合拆除工作，否则可能面临法律责任。
- 若拆除行为非法，相关责任方（如法院、买受人等）可能需承担赔偿责任或面临行政处罚。同时，原设备所有人或相关利害关系人可通过法律途径要求恢复原状或赔偿损失。
总结：法院拍卖设备后指定拆除是否合法，需根据拍卖程序是否合法、拆除行为是否符合相关法律规定以及是否侵犯他人合法权益等多方面因素进行综合判断。如有疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。