认定非法挂靠公司，主要需从以下几个方面进行综合判断：

1. 主体资格方面的认定：

   • 资质审查：根据《中华人民共和国建筑法》第二十六条，承包建筑工程的单位必须持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。若一方（挂靠方）不具备从事特定业务所需的法定资质，却借助另一方（被挂靠方）的资质开展业务，即构成挂靠。例如，在建筑工程领域，无资质的施工队伍以有资质的建筑企业名义承接工程，就是典型的挂靠行为。
   • 实际控制与名义一致性：若实际控制和操作业务的是挂靠方，但对外以被挂靠方名义进行活动，如合同签订、项目实施等，这也构成挂靠的认定依据。

2. 合同签订与履行方面的认定：

   • 合同签订异常：挂靠方若实际主导合同的谈判、起草及签订过程，但以被挂靠方名义签署，即表明存在挂靠行为。
   • 合同履行主体：若挂靠方实际负责履行合同的主要义务，如提供劳务、完成工程项目等，而被挂靠方仅提供名义支持或配合，这也倾向于认定为挂靠。

3. 财务关系方面的认定：

   • 资金流向：挂靠关系中，挂靠方通常向被挂靠方支付管理费用，项目收益主要归挂靠方所有。若资金流向显示工程款在扣除“管理费”后流向挂靠方，可作为认定挂靠的重要证据。
   • 财务核算独立性：挂靠方往往有独立财务体系，与被挂靠方的财务核算相对分离。若发现这种财务核算上的独立性，也有助于认定挂靠行为。

4. 人事管理方面的认定：

   • 人员组成与管理：若实际从事业务的人员主要由挂靠方招募、组织和管理，被挂靠方缺乏实质性管理和监督，则可能存在挂靠行为。
   • 社保缴纳情况：若参与业务的核心人员社保非由被挂靠方缴纳，而是由挂靠方或其他主体缴纳，这也反映出实际的劳动关系和管理关系，对认定挂靠有参考价值。

5. 其他相关方面的认定：

   • 借用印章、证件等行为：挂靠方通常需要借用被挂靠方的印章、资质证件等以便对外开展业务。若发现此类借用行为且无合理解释，可作为认定挂靠的佐证。
   • 双方约定和实际操作惯例：即使无明确书面协议，但通过双方长期形成的约定或实际操作惯例也可推断出挂靠关系的存在。

法律后果与风险提示：

• 挂靠行为是违法的，一旦被认定为挂靠，相关协议将被视为无效，并可能面临严重的法律风险，包括但不限于罚款、吊销资质证书、承担民事赔偿责任等。
• 对于被挂靠方而言，还可能因允许他人挂靠而承担连带责任，影响企业声誉和正常经营。

建议：

• 企业在经营过程中应严格遵守法律法规，避免参与或允许挂靠行为。
• 若发现存在挂靠嫌疑，应及时进行内部调查，并咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助，以便及时采取措施防范法律风险。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为你服务。