在法院审理离婚案件中，若女方怀孕且男方对胎儿的亲子关系存在争议，可通过司法鉴定程序进行亲子鉴定，但需遵循法定条件与程序。以下是具体分析：

1. 亲子鉴定的启动条件
   根据《民法典》第1073条及《最高人民法院关于适用〈民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第39条，亲子关系诉讼中，一方请求确认或否认亲子关系，并已提供必要证据予以证明的，另一方无相反证据又拒绝做亲子鉴定的，法院可推定请求确认亲子关系一方的主张成立。

   • 男方申请鉴定的情形：若男方主张胎儿非其亲生，需提供初步证据（如女方在婚姻关系存续期间与他人存在不正当关系、孕期时间与婚姻存续期不符等），否则法院可能驳回申请。
     
   • 女方同意鉴定的情形：若女方自愿配合鉴定，法院可委托具备资质的司法鉴定机构进行鉴定，鉴定样本通常为男方血液、毛发等与胎儿羊水、绒毛或出生后血液进行比对。

2. 鉴定程序的合法性要求

   • 胎儿阶段鉴定：若需在孕期进行鉴定，需通过医院抽取羊水或绒毛样本，存在一定风险，需经女方书面同意并由专业医生操作。
     
   • 出生后鉴定：若胎儿已出生，可直接采集双方血液样本进行鉴定，程序相对简便。
     
   • 鉴定机构资质：必须选择司法部认证的司法鉴定机构，确保鉴定结论的法律效力。

3. 拒绝鉴定的法律后果
   若男方提供初步证据后，女方拒绝鉴定且无合理理由，法院可能依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第95条，推定男方主张成立，即认定胎儿与男方无亲子关系。

   • 例外情形：若女方能证明拒绝鉴定系因健康、隐私等合理理由（如孕期鉴定可能危害母婴安全），法院可能不采纳推定。

4. 鉴定结果的法律影响

   • 确认亲子关系：若鉴定结论支持男方为生父，男方需承担抚养义务，离婚时可能涉及胎儿出生后的抚养费支付。
     
   • 否认亲子关系：若鉴定结论排除男方为生父，男方无需承担抚养责任，但需注意女方可能以“欺诈性抚养”为由主张赔偿。

建议：若涉及此类纠纷，建议男方先收集初步证据（如聊天记录、证人证言等），再向法院申请鉴定；女方若拒绝鉴定，需准备合理理由的证据。具体操作可进一步向我咨询，我会结合案情提供详细方案。