结论：公司欠的材料款做抵账合同并在公证处公证，该合同及公证行为在符合法定条件的情况下具有法律效应。以下从抵账合同的法律效应和公证的法律效应两个角度进行详细分析：

抵账合同的法律效应

1. 合同效力基础：

   • 抵账合同，本质上是一种债务清偿方式，即双方约定以某种财产或权利来抵销债务。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。因此，只要抵账合同是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该合同即具有法律效力。

2. 合同内容要求：

   • 抵账合同应明确约定抵账的标的物（如材料款对应的货物或财产）、数量、质量、价值、交付方式、交付时间等关键条款。这些条款的明确性对于合同的履行和争议解决至关重要。

3. 合同履行与违约：

   • 双方应按照抵账合同的约定履行各自的义务。如果一方未履行或未完全履行合同义务，另一方有权要求其承担违约责任，包括继续履行、采取补救措施或赔偿损失等。

公证的法律效应

1. 公证的定义与作用：

   • 公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。公证可以增强合同的证据效力，降低争议解决的成本和风险。

2. 公证的效力：

   • 根据《中华人民共和国公证法》的规定，经公证的民事法律行为、有法律意义的事实和文书，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。因此，如果抵账合同经过公证，那么该合同在法律上的证据效力将得到增强。

3. 公证的申请与程序：

   • 双方可以向住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构提出公证申请。公证机构在受理申请后，将按照法定程序进行审查，并出具公证书。公证书是公证机构出具的法律文书，具有法律效力。

综合分析

• 合法有效的抵账合同与公证：如果抵账合同本身合法有效，且经过公证机构的公证，那么该合同及公证行为将具有更强的法律效应。在争议解决时，公证书可以作为认定事实的根据，降低举证难度和成本。
• 注意事项：虽然公证可以增强合同的证据效力，但并不能保证合同一定能够得到履行或避免争议。因此，在签订抵账合同并办理公证时，双方仍应谨慎对待合同条款的约定和履行过程中的风险防控。

建议：在签订抵账合同并办理公证前，建议双方充分协商并明确合同条款，确保合同内容合法、明确、可行。同时，可以选择有信誉的公证机构进行公证，以确保公证的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。