结论前置：公司法人不能直接清除另一个股东，股东资格的变动必须遵循严格的法定程序和公司章程规定。以下从多个角度详细分析：

一、法人职权与股东资格变动的关系

法人，作为公司的代表机关，主要负责公司的日常经营管理决策等事务执行。然而，法人的职权并不包括随意剥夺股东的资格。股东资格的变动，无论是增加还是减少，都必须经过严格的法定程序或公司章程规定的程序。这是因为股东资格的取得与丧失，直接关系到股东的权益和公司的资本稳定，不能随意变动。

二、合法实现股东退出的途径

虽然法人不能直接清除股东，但股东可以通过以下合法途径实现退出：

1. 股权转让：

   • 股东可以将其持有的股权转让给其他股东或第三方。这种转让需要签订股权转让协议，并办理相关的变更登记手续。股权转让是股东退出公司的一种常见方式，它基于股东的自愿行为，法人无权强制推动。

2. 基于法定事由的股东资格解除：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第十七条，若股东未履行出资义务或抽逃全部出资，且经公司催告后在合理期限内仍未缴纳或返还，公司可通过股东会决议解除该股东的股东资格。但这一做法必须严格遵循法定程序，包括催告、股东会决议等，且需确保程序的合法性和公正性。

3. 基于公司减资的股东退出：

   • 公司可以通过法定的减资程序减少注册资本，使得特定股东的出资被减少甚至退出公司。减资程序需要经过股东会决议、通知债权人、办理工商变更登记等一系列严格程序，法人不能擅自决定。

三、非法“清除”股东的法律后果

如果法人擅自“清除”股东，即未经法定程序强行剥夺股东资格，这种行为是无效的，并可能引发一系列法律纠纷。被侵权股东有权通过法律途径维护自己的合法权益，包括提起诉讼要求确认解除行为无效、要求赔偿损失等。同时，公司也可能因程序违法而面临行政处罚或刑事责任。

四、实际操作中的注意事项

1. 确保程序合法：

   • 在处理股东资格变动时，公司必须确保程序的合法性和公正性。这包括遵循公司章程的规定、召开股东会并形成有效决议、办理相关的变更登记手续等。

2. 维护公司资本稳定：

   • 股东资格的变动可能影响公司的资本稳定。因此，在处理此类事宜时，公司应充分考虑债权人的利益，确保公司的偿债能力不受影响。

3. 及时办理变更登记：

   • 股东资格变动后，公司应及时办理相关的变更登记手续，以确保公司登记的准确性和合法性。这有助于维护公司的信誉和形象，避免不必要的法律纠纷。

举例说明：假设某公司股东A未履行出资义务，且经公司催告后在合理期限内仍未缴纳。此时，公司可以召开股东会并形成决议，解除股东A的股东资格。但这一决议必须符合公司章程的规定，并经过代表一定比例表决权的股东同意。同时，公司还需及时办理法定减资程序或由其他股东或第三人缴纳相应的出资，以确保公司的资本稳定和债权人的利益不受损害。

总结与建议：公司法人不能直接清除另一个股东，而是必须遵循法定程序和公司章程规定来处理涉及股东资格变动的事宜。在实际操作中，公司应确保程序的合法性和公正性，维护公司的资本稳定和债权人的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。