结论：收款条有瑕疵但有转账记录时，可通过收集并固定其他证据、与对方协商、提起诉讼等方式来维护自身权益，具体需根据瑕疵类型和实际情况判断。以下是详细分析：
分析收款条瑕疵的性质
- 轻微瑕疵：如果收款条的瑕疵并不影响其核心内容的表达，例如只是书写上的小错误、格式上的不规范等，且转账记录能够清晰证明款项的支付情况，那么收款条仍然具有一定的法律效力。在这种情况下，转账记录可以作为收款条的有效补充，共同证明交易的存在和款项的支付。
- 重大瑕疵：如果收款条的瑕疵较为严重，例如关键信息缺失、签名非本人所签、存在涂改等，且这些瑕疵可能影响到收款条的真实性和合法性，那么就需要谨慎对待。在这种情况下，转账记录虽然能够证明款项的支付，但可能无法单独作为证明交易存在的充分证据。
采取相应措施
- 收集并固定其他证据：除了转账记录外，还可以收集其他与交易相关的证据，如聊天记录、邮件往来、合同协议等，以形成完整的证据链，证明交易的存在和款项的支付情况。
- 与对方协商：在发现收款条存在瑕疵后，可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成一致意见，对收款条进行补正或重新签订。如果对方同意，那么问题就可以得到妥善解决。
- 提起诉讼：如果协商无果，且认为自身权益受到侵害，可以考虑向法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要向法院提交转账记录以及其他相关证据，以证明交易的存在和款项的支付情况。法院会根据双方提供的证据和法律规定进行判决。
注意事项
- 及时采取行动：一旦发现收款条存在瑕疵，应及时采取行动，避免错过最佳的维权时机。
- 保留好所有证据：无论是转账记录还是其他相关证据，都需要妥善保管，以备不时之需。
- 寻求专业帮助：如果对法律程序不熟悉或担心自身权益无法得到充分保障，可以寻求专业律师的帮助。
在处理此类问题时，建议根据实际情况灵活应对，并随时向我咨询以获取更具体的法律建议。