他人指示机动车肇事，根据不同情况，处罚方式有所不同，具体如下：
如果指示者与肇事者构成共同犯罪：
- 在这种情况下，指示者通常会被视为共同犯罪中的主犯或从犯，根据其在犯罪中的作用和情节严重程度来承担相应的刑事责任。
- 如果肇事行为构成交通肇事罪，且指示者起到了主要作用，那么指示者可能会被判处三年以下有期徒刑或者拘役；如果肇事后逃逸或者有其他特别恶劣情节的，可能会被判处三年以上七年以下有期徒刑；如果因逃逸致人死亡的，则可能会被判处七年以上有期徒刑。
- 如果指示者只是起到了次要或辅助作用，那么可能会被视为从犯，根据主犯的刑罚从轻、减轻处罚或者免除处罚。
如果指示者不构成共同犯罪，但存在教唆行为：
- 教唆他人犯罪的，应当按照他在共同犯罪中所起的作用处罚。这意味着，即使指示者没有直接参与肇事行为，但如果其教唆行为对肇事者的决策产生了重要影响，那么指示者仍然需要承担相应的刑事责任。
- 教唆不满十八周岁的人犯罪的，应当从重处罚。这是法律对保护未成年人的一种特殊规定，体现了对未成年人身心健康的重视。
如果指示者与肇事者之间存在雇佣关系或其他法律关系：
- 在这种情况下，除了考虑刑事责任外，还需要考虑民事赔偿责任。指示者作为雇主或相关责任方，可能需要承担因肇事行为导致的民事赔偿责任，包括赔偿受害者的医疗费、误工费、残疾赔偿金等。
- 如果指示者明知肇事者不具备驾驶资格或存在其他安全隐患，仍然指示其驾驶机动车，那么指示者可能需要承担更大的民事赔偿责任。
在处理此类案件时，还需要考虑以下因素：
- 证据收集：要证明指示者与肇事者之间存在指示关系，需要收集充分的证据，如通话记录、短信、微信聊天记录、证人证言等。
- 情节严重程度：根据肇事行为的后果、指示者的主观恶意程度等因素，综合判断情节的严重程度，从而确定相应的刑罚。
- 法律适用：在处理此类案件时，需要准确适用相关法律法规，确保判决的公正性和合法性。
建议：如果你或他人涉及此类案件，建议尽快向警方报案，并积极配合调查工作。同时，也可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题，可以直接向我咨询。