交管部门晚上到农村查车是合法的，但需满足一定条件。具体分析如下：

1. 法律依据与执法权限
   根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，交管部门有权对道路交通违法行为进行查处，执法范围包括城市道路和农村公路，且执法时间不受限制（包括夜间）。因此，交管部门在农村地区夜间查车本身具有合法性。

2. 执法程序的合法性要求

   • 出示证件：执法人员必须主动出示执法证件（如警官证），表明身份和执法权限。
     
   • 规范着装：需穿着制式警服，佩戴执法记录仪等设备，确保执法过程可追溯。
     
   • 依法处罚：对违法行为（如酒驾、无证驾驶、超载等）的处罚需依据《道路交通安全法》及相关法规，开具正式法律文书（如罚单、扣车凭证等）。
     
   • 禁止越权：不得以查车为由进行与交通管理无关的检查（如入户搜查、扣押非涉案物品等）。

3. 农村地区执法的特殊性
   农村道路可能存在照明不足、标识不全等情况，交管部门需注意：

   • 安全保障：设置反光锥筒、警示灯等安全设施，避免因查车引发二次事故。
     
   • 合理选址：选择视野开阔、便于车辆停靠的地点，避免在急弯、陡坡等危险路段设卡。
     
   • 人性化执法：对轻微违法行为（如未携带驾驶证）可优先警告教育，避免机械执法激化矛盾。

4. 若遇违法执法如何维权
   若交管部门存在以下行为，当事人可依法维权：

   • 未出示证件或未说明执法依据；
     扣押车辆、证件但未出具法律文书；
     罚款未开具正式票据；
     以查车为由索要财物或进行其他侵权行为。
     维权途径：当场要求执法人员所属单位监督处理，或向公安机关督察部门、上级交管部门投诉，必要时可通过行政复议或诉讼主张权利。

总结：交管部门夜间在农村查车合法，但需严格遵守法定程序。若对执法行为有异议，建议保留证据（如录音、录像、罚单等）并及时咨询，我将结合具体细节为您进一步分析。