让运输公司代缴社保是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 若运输公司与员工存在真实劳动关系，代缴社保合法但需规范操作
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记并缴纳社保费。若员工与运输公司签订劳动合同、接受公司管理、由公司发放工资，则双方构成劳动关系，公司有法定义务为员工缴纳社保。此时，公司通过自身账户或委托第三方机构代缴（需确保资金流向清晰、缴费基数真实）均属合法行为，但需注意：
   

• 缴费基数需按员工实际工资确定，不得虚报；
  
• 社保费用需由公司承担单位部分，个人部分从员工工资中代扣；
  
• 需保留完整的缴费记录、劳动合同等证据，避免纠纷。

1. 若员工与运输公司无劳动关系，仅“挂靠”代缴社保，则属违法行为
   若员工未与运输公司签订劳动合同、不接受公司管理、不从公司领取工资，仅通过支付“服务费”让公司代缴社保，这种行为违反《社会保险法》第八十八条。该条款明确禁止“以欺诈、伪造证明材料或其他手段骗取社会保险待遇”，而“挂靠”代缴的本质是通过虚构劳动关系骗取社保资格，可能面临以下后果：
   

• 社保部门可责令退回骗取的社保待遇，并处骗取金额2-5倍罚款；
  
• 若构成犯罪（如骗取医保、生育津贴等），可能被追究刑事责任；
  
• 运输公司作为“帮助者”，可能被认定为共同违法，承担连带责任。

实务建议：

• 对员工：若与运输公司存在劳动关系，可要求公司依法缴纳社保；若无劳动关系，切勿通过“挂靠”代缴，避免个人信用受损甚至承担法律责任。
  
• 对运输公司：若需为员工代缴社保，务必确认劳动关系真实性；若被要求“挂靠”代缴，应明确拒绝，避免卷入违法风险。
  

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