在经济纠纷中，具有法律效力查账权限的部门主要包括司法机关（如法院、检察院）和行政执法机关（如税务机关、审计机关），具体取决于纠纷的性质和查账目的。以下是对此问题的详细分析：
司法机关：
- 法院：在经济纠纷诉讼中，法院有权根据当事人的申请或依职权对涉案企业的账目进行审查。这种审查通常是为了查明案件事实，确定双方的权利义务关系。法院的查账行为具有法律效力，其查账结果可以作为判决的依据。
- 检察院：在涉及经济犯罪的案件中，检察院有权对涉案企业的账目进行审查，以收集犯罪证据。检察院的查账行为同样具有法律效力，其查账结果可以作为起诉或不起诉的依据。
行政执法机关：
- 税务机关：在税收征收管理过程中，税务机关有权对纳税人的账目进行审查，以核实其应纳税额。税务机关的查账行为具有法律效力，其查账结果可以作为税务处理或处罚的依据。
- 审计机关：审计机关依法对国家机关、国有企事业单位的财务收支进行审计监督。在经济纠纷中，如果涉及上述单位的财务问题，审计机关的查账行为同样具有法律效力，其查账结果可以作为审计报告或处理决定的依据。
在查账过程中，必须遵循法定程序和权限。例如，司法机关的查账通常需要经过立案、调查取证等程序；行政执法机关的查账则需要遵循行政处罚法、税收征收管理法等相关法律法规的规定。如果查账行为违反了法定程序或权限，那么查账结果可能不具有法律效力，甚至可能引发行政复议或行政诉讼等法律纠纷。
建议：在经济纠纷中，如果需要查账以获取证据或查明事实，应当根据纠纷的性质和查账目的选择合适的部门进行。同时，应当确保查账行为符合法定程序和权限，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。