在交通运输事故中，如果双方都是营运车且都有责任，那么双方都需要根据各自的责任比例来承担相应的损失和责任。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、责任划分与赔偿原则
责任划分：
- 交通事故的责任划分通常由交警部门根据现场勘查、证人证言、监控录像等证据进行综合判断，并出具《交通事故责任认定书》。该认定书会明确双方的责任比例，如主责、次责或同等责任等。
赔偿原则：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关司法解释，交通事故的赔偿遵循“过错责任原则”，即各方根据其过错程度承担相应的赔偿责任。
- 如果双方都有责任，那么赔偿将按照各自的责任比例进行分担。例如，如果一方承担70%的责任，另一方承担30%的责任，那么赔偿也将按照这一比例进行分配。
二、营运车辆的特殊考虑
停运损失：
- 对于营运车辆而言，除了车辆本身的损失外，还可能因事故导致停运，从而产生停运损失。停运损失通常包括车辆维修期间的运营收入损失等。
- 停运损失的赔偿也需要根据双方的责任比例进行分担。如果事故导致一方车辆长时间停运，且该方无责任或责任较小，那么其有权要求对方承担相应的停运损失赔偿。
保险理赔：
- 营运车辆通常都购买了交强险和商业险，包括车辆损失险、第三者责任险等。在事故发生后，双方应及时向保险公司报案，并按照保险合同的约定进行理赔。
- 保险公司将根据交警部门出具的责任认定书和保险合同的约定，对双方的损失进行赔付。如果双方都有责任，那么保险公司将按照各自的责任比例进行赔付。
三、实际操作建议
保留证据：
- 在事故发生后，双方应尽可能保留现场照片、视频、证人证言等证据，以便后续的责任划分和赔偿协商。
- 同时，双方还应及时收集并保存与事故相关的医疗记录、维修发票等证据，以证明各自的损失情况。
协商与调解：
- 在责任划分明确后，双方可以尝试通过协商或调解的方式解决赔偿问题。这可以节省时间和成本，并避免不必要的法律纠纷。
- 如果协商或调解无果，双方可以考虑通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
寻求法律帮助：
- 如果双方在事故处理过程中遇到法律难题或争议无法解决，可以寻求专业律师的帮助。律师将根据具体情况提供法律咨询和代理服务，帮助双方维护自身合法权益。
总结来说，在交通运输事故中，如果双方都是营运车且都有责任，那么双方都需要根据各自的责任比例来承担相应的损失和责任。这包括车辆损失、停运损失以及可能的医疗费用等。在处理此类事故时，双方应保留好相关证据，尝试通过协商或调解解决赔偿问题，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。