针对您提出的问题，即女方自幼因车祸脑瘫，在登记结婚后因感情不和起诉离婚的情况下，究竟谁是监护人，这需要根据《中华人民共和国民法典》的相关规定以及具体案件情况来综合判断。
首先，我们要明确的是，监护权的确定主要遵循“最有利于被监护人”的原则。对于无民事行为能力或限制民事行为能力的成年人，其监护人的确定有明确的法定顺位。根据《民法典》第二十八条的规定，无民事行为能力或者限制民事行为能力的成年人，其监护人由下列有监护能力的人按顺序担任：配偶；父母、子女；其他近亲属；其他愿意担任监护人的个人或组织，但是须经被监护人住所地的居民委员会、村民委员会或者民政部门同意。
现在，我们根据这个法定顺位来分析您提出的情况：
配偶作为第一顺位监护人：
- 在一般情况下，如果配偶具有监护能力，那么配偶将是第一顺位的监护人。
- 但在您描述的情况中，女方自幼因车祸脑瘫，可能属于无民事行为能力或限制民事行为能力人。如果男方在结婚时知道或应当知道女方的这一状况，并且仍然选择结婚，那么男方在法律上应承担起相应的监护责任。
- 然而，如果双方因感情不和起诉离婚，且男方在离婚过程中或离婚后可能无法继续履行监护职责（例如，存在虐待、遗弃等行为，或者男方自身也缺乏监护能力），那么就需要考虑其他顺位的监护人。
父母、子女作为第二顺位监护人：
- 如果配偶无法履行监护职责，那么女方的父母或子女（如果存在且具有监护能力）将成为下一顺位的监护人。
- 在您描述的情况中，由于女方自幼脑瘫，可能没有子女，因此其父母将成为主要的考虑对象。
其他近亲属或其他愿意担任监护人的个人或组织：
- 如果前两顺位的监护人都无法履行监护职责，那么可以考虑其他近亲属或其他愿意担任监护人的个人或组织。
- 这需要根据具体情况来判断，包括其他近亲属的监护能力、意愿以及与被监护人的关系等。
特殊情况下的监护权指定：
- 在某些特殊情况下，如配偶和社会组织同时申请成为监护人，且双方在监护能力、与被监护人的关系等方面存在争议时，法院可能会基于“最有利于被监护人”的原则进行指定。
- 例如，在北京市海淀区人民法院审结的一起类似案件中，法院就综合考虑了被监护人的生活、情感联系、监护人的监护能力等因素，最终指定了社会组织作为监护人。
具体到您提出的情况：
- 如果男方在离婚过程中或离婚后能够继续履行监护职责，并且没有虐待、遗弃等行为，那么男方仍然是女方的监护人。
- 如果男方无法履行监护职责，或者存在对女方不利的行为，那么女方的父母（如果存在且具有监护能力）将成为下一顺位的监护人。
- 如果女方的父母也无法履行监护职责，或者存在其他特殊情况，那么法院可能会根据“最有利于被监护人”的原则指定其他监护人。
建议：
- 在处理此类案件时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 法院在判决时会综合考虑多种因素，包括被监护人的意愿（如果可能表达）、监护人的监护能力、与被监护人的关系等。
- 如果双方对监护权存在争议，可以通过法律途径解决，由法院根据具体情况进行判决。