核心结论：工程临时占用耕地两年后种庄稼减产，可从侵权责任、合同关系、行政补偿三个角度分析处理，具体如下：

1. 侵权责任角度

   • 责任认定：若工程临时占用耕地过程中，施工方存在不当行为，例如施工操作破坏了耕地的土壤结构、排水系统，或者遗留了有害物质等，导致耕地在两年后种植庄稼时出现减产情况，施工方可能构成侵权。根据《中华人民共和国民法典》侵权责任编相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
   • 举证要点：您需要收集证据证明施工方的行为与庄稼减产之间存在因果关系。比如，可以请专业的农业鉴定机构对耕地土壤质量、受污染程度等进行检测鉴定，出具鉴定报告；收集施工期间的照片、视频等资料，证明施工方存在可能破坏耕地的行为；保留庄稼减产前后的产量记录、销售记录等，以确定减产的具体情况。
   • 赔偿范围：若能证明施工方侵权，施工方应赔偿您因庄稼减产所遭受的损失，包括直接损失（如减产部分的农作物价值）和间接损失（如为恢复耕地生产所投入的额外费用等）。

2. 合同关系角度

   • 临时用地合同：如果工程方是通过与您签订临时用地合同来占用耕地的，合同中可能会对占用期间的耕地保护以及占用期满后的恢复责任等进行约定。若合同明确约定工程方在占用期满后有义务将耕地恢复到可正常耕种的状态，且因工程方未履行该义务导致庄稼减产，那么工程方构成违约。
   • 违约处理：根据《中华人民共和国民法典》合同编的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。您可以依据合同约定，要求工程方承担违约责任，赔偿庄稼减产造成的损失。若合同对违约责任没有约定或者约定不明确，您可以与工程方协商解决；协商不成的，可以根据交易习惯、相关法律法规等确定违约责任。

3. 行政补偿角度

   • 政策依据：在某些情况下，工程临时占用耕地可能是基于公共利益的需要，经过了相关行政部门的审批。如果符合行政补偿的条件，您可以向相关部门申请行政补偿。例如，一些地方政府会出台关于工程建设临时占用耕地补偿的具体办法，对补偿标准、补偿范围等作出规定。
   • 申请流程：您需要向负责审批该工程临时占用耕地的行政部门提出补偿申请，并提交相关证明材料，如耕地权属证明、庄稼减产的证据等。行政部门会对您的申请进行审查，符合补偿条件的，会按照规定的标准和程序给予补偿。

建议：您可以先与工程方进行协商沟通，明确减产原因和责任归属，尝试通过协商解决赔偿问题。如果协商不成，您可以收集好相关证据，根据上述不同的角度，选择通过民事诉讼（侵权或违约）或者申请行政补偿等途径来维护自己的合法权益。在处理过程中，如有需要，您可以随时向我咨询具体的法律问题。