医药公司将其中一个部门承包给个人经营是否违法，不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若承包行为符合法律法规及行业规范，则不违法
   根据《民法典》及相关商业法律，企业有权将内部非核心业务或特定项目通过合法承包形式交由个人或第三方经营，但需满足以下条件：

   • 业务性质合法：承包的部门业务需在医药公司合法经营范围内，且不涉及需特殊资质或行政许可的核心环节（如药品生产、研发、临床试验等）。例如，将医药公司的后勤、物流或非处方药销售部门承包给个人，若不违反行业准入规定，通常合法。
     
   • 承包合同合规：双方需签订书面承包合同，明确权利义务（如费用结算、质量标准、安全责任等），且合同内容不违反法律强制性规定（如禁止转包、最低工资标准等）。
     
   • 个人资质符合要求：若承包业务需特定资质（如药品经营许可证），个人需通过合法途径取得或挂靠具备资质的主体，否则可能因“无证经营”被处罚。
     

2. 若承包行为违反法律法规或行业规范，则可能违法

   • 核心业务外包违法：根据《药品管理法》《药品生产质量管理规范》（GMP）等规定，药品生产、研发、临床试验等核心环节必须由具备资质的企业自行完成，不得承包给无资质的个人。例如，将药品生产车间承包给个人，即使个人有技术能力，也因缺乏生产资质而违法。
     
   • 逃避监管责任：若医药公司通过承包形式转移质量、安全或环保责任，导致实际经营不符合监管要求（如药品质量不达标、污染环境），可能被认定为“以承包之名行非法经营之实”，面临行政处罚甚至刑事责任。
     
   • 损害劳动者权益：若承包后个人未依法与员工签订劳动合同、缴纳社保，或存在拖欠工资、超时加班等行为，医药公司可能因“未履行劳动监管责任”被连带追责。
     

建议：

• 医药公司若计划承包部门，需提前审查业务性质、个人资质及合同条款，确保符合法律和行业规范；
  
• 个人承包前应评估自身资质及风险承受能力，避免因违法经营导致个人及公司承担连带责任；
  
• 如有具体案例或合同条款需进一步分析，可直接向我咨询，我会结合细节提供针对性建议。