结论前置：未经持证人同意注销其经营许可证，一般情况下是不合法的。具体是否合法，需结合注销的具体原因、程序以及相关法律法规的规定来判断。

1. 从行政许可的基本原则来看：

行政许可，即经营许可证的颁发，是行政机关根据公民、法人或者其他组织的申请，经依法审查，准予其从事特定活动的行为。这一行为体现了行政机关对申请人资质、条件等方面的认可。因此，未经持证人同意，行政机关不得随意注销其经营许可证，这违背了行政许可的信赖保护原则。信赖保护原则要求行政机关对自己作出的行为或承诺应守信用，不得随意变更，不得反复无常。

2. 从注销经营许可证的法定程序来看：

注销经营许可证通常需要遵循一定的法定程序。这些程序可能包括通知持证人、听取其陈述和申辩、进行审查等。如果行政机关未经这些法定程序，擅自注销持证人的经营许可证，那么这种行为很可能是违法的。例如，根据《中华人民共和国行政许可法》的相关规定，行政机关依法作出不予行政许可的书面决定的，应当说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。虽然这是关于不予许可的规定，但注销许可也应遵循类似的程序保障原则。

3. 从注销经营许可证的法定原因来看：

注销经营许可证通常需要有法定的原因，如持证人不再符合许可条件、持证人主动申请注销、许可证有效期届满未延续等。如果行政机关在没有法定原因的情况下注销持证人的经营许可证，那么这种行为也是违法的。例如，如果持证人一直依法经营，没有违反任何法律法规或许可条件，那么行政机关就无权注销其经营许可证。

4. 特殊情况下的合法注销：

当然，也存在一些特殊情况，行政机关可能无需持证人同意即可注销其经营许可证。例如，当持证人存在严重违法行为，且该行为直接威胁到公共安全、公共利益或他人合法权益时，行政机关可能依据相关法律法规的规定，直接注销其经营许可证。但这种情况下的注销，也必须严格遵循法定程序和法定原因。

法律建议：

• 如果您的经营许可证被未经同意注销，您有权向行政机关提出异议，并要求其说明注销的理由和依据。
• 如果行政机关无法提供合理的理由和依据，或者您认为其注销行为违反了法定程序或法定原因，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果行政机关的注销行为被确认违法，那么其可能需要承担恢复原状、赔偿损失等法律责任。
• 同时，您也可能因此获得相应的法律救济，如重新获得经营许可证、获得经济赔偿等。

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