关于个人承包土地被占是否侵害集体经济组织成员权益的问题：
- 个人承包土地被占确实可能侵害集体经济组织成员权益。农村土地，包括承包地，通常属于集体所有，但承包经营权是赋予给集体经济组织成员的。当个人承包的土地被非法占用时，不仅侵犯了承包人的个人权益，也可能间接影响了集体经济组织对土地的管理和收益分配，因此可以视为对集体经济组织成员权益的侵害。
关于诉讼时效的问题：
诉讼时效一般为三年。根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果个人承包土地被占，承包人应在知道或应当知道权益被侵害之日起三年内提起诉讼，以维护自己的合法权益。
- 特殊情况下的诉讼时效：然而，也需要注意一些特殊情况。例如，如果承包人在权益被侵害后一直不知道或无法知道，或者存在其他阻碍其行使权利的情形，诉讼时效可能会相应延长。此外，如果涉及不动产（如土地）的物权请求权，虽然一般也适用三年的诉讼时效，但在某些特定情况下，如土地被长期非法占用且承包人一直未放弃主张权利，法院可能会根据具体情况作出灵活处理。
建议采取的措施：
- 及时收集证据：一旦发现个人承包土地被占，应立即收集相关证据，如土地承包合同、土地权属证明、占用现场的照片或视频等，以证明自己的承包权和土地被占的事实。
- 与占用方协商：在证据充分的情况下，可以尝试与占用方进行协商，寻求和解或达成补偿协议。
- 提起诉讼：如果协商无果，应及时向人民法院提起诉讼，要求占用方停止侵害、恢复原状或赔偿损失。在提起诉讼时，务必注意诉讼时效的问题，确保在有效期内行使权利。
总结与提醒：
个人承包土地被占确实可能侵害集体经济组织成员权益，且诉讼时效一般为三年。因此，承包人在发现权益被侵害后，应及时采取措施维护自己的合法权益，避免错过诉讼时效。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。