结论：助学贷款利息逾期后，将利息存入卡里是否会自动扣除，主要取决于贷款合同中的具体约定以及银行系统的自动扣款设置。以下是对此问题的详细分析：
贷款合同约定：
- 首先，需要查看您与银行签订的助学贷款合同中，是否有关于逾期利息自动扣款的具体条款。如果合同中明确规定了逾期利息会在特定时间或条件下自动从您的账户中扣除，那么银行在符合这些条件时，很可能会自动进行扣款。
- 如果合同中没有明确规定，或者规定不明确，那么银行是否会自动扣款就取决于其内部的操作流程和规定。
银行系统自动扣款设置：
- 即使合同中有自动扣款的约定，也需要银行系统设置了相应的自动扣款功能，并且该功能在您逾期后仍然有效。有些银行可能会在贷款逾期后暂停自动扣款功能，转而通过其他方式（如电话催收、书面通知等）来提醒您还款。
- 因此，即使您将利息存入卡里，如果银行系统没有设置自动扣款，或者该功能已被暂停，那么利息可能不会被自动扣除。
实际操作建议：
- 主动联系银行：为了确保利息能够及时被扣除，避免产生更多的逾期费用或影响您的信用记录，建议您主动联系银行客服或前往银行柜台，咨询关于逾期利息自动扣款的具体情况。
- 确认扣款情况：在存入利息后，您可以及时查看银行账户的交易记录，确认利息是否已被成功扣除。如果未被扣除，您可以再次联系银行，了解原因并寻求解决方案。
- 保留相关证据：为了防止因利息未扣除而产生的纠纷，建议您保留好存入利息的凭证（如转账记录、存款凭证等），以便在需要时提供证明。
法律后果：
- 如果因为利息未及时扣除而导致您产生更多的逾期费用或影响信用记录，您有权根据贷款合同的约定和银行的规定，与银行进行协商或寻求法律救济。
- 同时，您也需要注意，即使利息被自动扣除，您仍然需要按照贷款合同的约定，按时偿还本金和其他费用，以避免产生更多的法律纠纷。
总结与建议：助学贷款利息逾期后，将利息存入卡里是否会自动扣除，取决于贷款合同中的具体约定和银行系统的自动扣款设置。为了确保利息能够及时被扣除，避免产生不必要的麻烦和费用，建议您主动联系银行咨询相关情况，并保留好相关证据。如果您在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。