您好，关于您提出的“毕业就业协议可以不去吗”这一问题，这主要取决于您与用人单位之间的协议内容以及当前所处的协议签订阶段。
首先，就业协议是您与用人单位双方协商后签订的，它具有一定的法律效力。如果您已经与用人单位签字盖章确认了就业协议，但尚未交给学校盖章，从法律层面讲，您与用人单位之间已经形成了初步的约定。不过，由于学校尚未盖章，协议尚未完全生效，这为您与用人单位之间的进一步沟通留下了一定的空间。
针对您不想去该单位的情况，我建议您采取以下步骤：
与用人单位沟通：
- 尽快与用人单位的人事部门或相关负责人取得联系，说明您由于某些原因（如身体原因无法接受夜班工作等）无法履行原协议。
- 询问用人单位对于违约的具体看法和处理方式，看是否能够达成双方都能接受的解决方案。
查看协议中的违约条款：
- 仔细阅读就业协议中关于违约的条款，了解违约后需要承担的责任和后果。
- 如果协议中明确规定了违约金等条款，您需要评估自己是否能够承担这些后果。
与学校就业管理部门求助：
- 如果您与用人单位沟通无果，或者对协议中的违约条款有异议，可以向学校的就业管理部门寻求帮助。
- 学校就业管理部门可以提供专业的指导和建议，帮助您处理与用人单位之间的纠纷。
考虑法律途径：
- 如果双方无法协商一致，且您认为用人单位的要求不合理或违法，您可以考虑向劳动仲裁部门申诉。
- 劳动仲裁部门会依法对纠纷进行调解或裁决，保护您的合法权益。
另外，关于您提到的学校要求上传就业协议的问题：
- 根据教育部的相关规定，教育部门建立高校毕业生毕业去向登记制度，作为高校为毕业生办理离校手续的必要环节。但这并不意味着您必须签订就业协议才能离校。
- 如果您暂未就业，可以选择上报“未就业”作为毕业去向。毕业资格与是否签订就业协议无关，学校不得以任何方式强迫毕业生签订就业协议或劳动合同。
综上所述，如果您不想去已经签订就业协议的单位，建议您首先与用人单位沟通协商，并查看协议中的违约条款。如果无法协商一致，可以向学校就业管理部门求助或考虑法律途径。同时，您也需要了解学校关于毕业去向登记的要求，确保自己的权益不受损害。