股权司法冻结后修改公司章程，在符合法定程序和条件的情况下是有效的。以下从多个角度进行详细分析：
一、股权司法冻结的法律含义
股权司法冻结是法院依法对股东持有的股权采取的一种保全措施，旨在防止股权在诉讼期间被转让或设定其他权利负担，从而保障诉讼的顺利进行和判决的有效执行。股权被冻结后，股东虽然仍享有股东权利，但其处分权受到限制，即不能擅自转让、质押或以其他方式处分被冻结的股权。
二、公司章程修改的法律要求
公司章程是公司的“宪法”，规定了公司的组织结构、运营方式、股东权利与义务等重要事项。修改公司章程通常需要满足以下条件：
法定程序：修改公司章程需按照公司法规定的程序进行，如召开股东会或股东大会，并经代表三分之二以上表决权的股东通过（对于有限责任公司）或经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过（对于股份有限公司）。
内容合法：修改后的公司章程内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害公司、股东或债权人的合法权益。
三、股权司法冻结与修改公司章程的关系
股东权利不受完全剥夺：股权被冻结并不意味着股东完全丧失了股东权利。股东仍然享有参与公司决策、分红等权利，只是其处分权受到限制。因此，如果修改公司章程不涉及被冻结股权的处分（如转让、质押等），且修改程序合法、内容合法，那么修改是有效的。
修改内容需审慎：如果修改公司章程的内容涉及被冻结股权的处分或可能影响股权价值，那么这种修改可能会受到法院的审查或限制。因为股权冻结的目的是保障诉讼的顺利进行和判决的有效执行，如果修改公司章程可能损害这一目的，法院可能会不予认可或采取相应措施。
程序合法性至关重要：无论修改内容如何，修改公司章程都必须遵循法定程序。如果程序不合法，即使修改内容本身没有问题，也可能导致修改无效。
四、实际操作建议
咨询专业律师：在股权被冻结的情况下修改公司章程，建议先咨询专业律师，了解相关法律风险和操作要点。
确保程序合法：严格按照公司法规定的程序进行修改，确保所有股东都得到充分通知并有机会参与表决。
审慎修改内容：避免修改内容涉及被冻结股权的处分或可能影响股权价值，以免引发法律纠纷。
及时与法院沟通：如果修改内容可能涉及被冻结股权或法院关注的焦点问题，建议及时与法院沟通，说明修改的必要性和合法性，争取法院的理解和支持。
总结来说，股权司法冻结后修改公司章程在符合法定程序和条件的情况下是有效的。但为了避免法律风险，建议在修改前咨询专业律师并严格按照法定程序进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。