关于入川资质备案是否可以由分公司签合同的问题，这主要涉及到公司法律地位、资质要求以及合同签订主体的相关规定。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，分公司并不具备独立的法人资格。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司是公司的分支机构，其民事责任由公司承担。这意味着，分公司不能独立承担法律责任，也不能独立进行民事活动，包括签订合同等，除非得到公司的明确授权。

其次，在工程建设领域，资质是参与项目投标和签订合同的重要前提。根据《中华人民共和国建筑法》以及相关资质管理规定，从事建筑活动的企业必须取得相应等级的资质证书，方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。分公司由于不具有独立法人资格，因此不能独立取得资质证书。如果分公司希望参与工程建设项目，通常需要以公司的名义进行投标，并在中标后由公司作为合同主体签订合同。

针对您提到的入川资质备案问题，根据四川省住房和城乡建设厅发布的《四川省省外勘察设计企业入川备案暂行管理办法》补充规定，申请入川备案的企业需要满足一系列条件，包括持有企业法人营业执照、依法取得相应资质证书、具备健全的组织机构和管理制度等。这些条件都是针对企业整体而言的，而不是针对分公司。因此，在办理入川资质备案时，应由企业整体（即总公司）进行申请，并提供相应的材料和证明。

至于合同签订问题，即使分公司参与了入川项目的具体执行工作，但根据合同法和相关资质管理规定，合同主体仍应与中标人一致，即应为公司（总公司）。分公司可以在公司授权的范围内，作为具体执行者参与合同履行工作，但不应作为合同主体签订合同。

综上所述，入川资质备案不能由分公司作为合同主体签订合同。分公司可以在公司授权的范围内参与项目执行工作，但合同签订应由公司（总公司）进行。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。