关于股权阴阳合同法院如何判决的问题，结论前置如下：
- 阳合同（虚假意思表示）通常无效：法院会依据《中华人民共和国民法典》第一百四十六条，认定阳合同因非双方真实意思表示而无效。
- 阴合同（真实意思表示）若合法则有效：若阴合同内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗，法院会认定其有效。
- 违法内容无效且可能承担法律责任：若阴合同内容违法，如涉及逃税等，则不仅阳合同无效，阴合同也可能因内容违法而无效，并需承担相应的法律责任。
详细分析如下：
一、阴阳合同的基本概念与特征
阴阳合同，又称“黑白合同”，是指合同当事人就同一事项订立两份或两份以上内容不相同的合同。其中，对外的一份（阳合同）并非双方真实意思表示，通常用于逃避国家税收、骗取贷款等不正当目的；而对内的一份（阴合同）则是双方真实意思的体现，反映实际交易条件。这种合同形式在股权交易、房屋买卖、建筑工程等领域较为常见。
二、法院对阴阳合同的效力认定
阳合同的无效性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十六条，行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。因此，阳合同因不体现当事人的真实意思而被认定为无效。在股权交易中，如果阳合同是为了逃避税收而签订的虚假股权转让协议，法院会认定其无效。
阴合同的有效性：
- 阴合同作为当事人的真实意思表示，只要其内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗，即被认定为有效合同，受法律保护。在股权交易中，如果阴合同是双方真实意愿的体现，且符合相关法律法规的规定，法院会认定其有效，并据此确定双方的权利义务关系。
违法内容的无效性：
- 如果阴合同的内容违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，则该部分内容无效。同时，如果利用阴阳合同实施违法行为，如逃税、骗取贷款等，则不仅阳合同无效，阴合同也可能因内容违法而无效。在股权交易中，如果阴合同涉及非法转让股权、逃避监管等违法行为，法院会认定其无效，并依法追究相关责任人的法律责任。
三、法律责任与后果
民事责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条，当阴阳合同被认定无效后，行为人因该行为取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失。在股权交易中，如果因阴阳合同导致一方遭受损失，法院会判决有过错的一方承担赔偿责任。
税务责任：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关税法规定，对于通过签订阴阳合同逃税的行为，税务机关有权依法追缴税款、滞纳金，并处以罚款。构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。在股权交易中，如果涉及逃税等违法行为，法院在判决时可能会将案件移送税务机关或公安机关处理。
其他法律责任：
- 在特定领域，如涉及非法转让股权、逃避监管等违法行为时，根据相关法律法规的规定，还可能面临罚款、没收违法所得、吊销营业执照等处罚。在股权交易中，如果阴阳合同涉及这些违法行为，法院会依法判决相关责任人承担相应的法律责任。
四、实际案例与判决原则
以股权交易为例，假设甲乙双方就某公司的股权转让签订了两份合同：一份阳合同（价格较低，用于逃避税收），一份阴合同（价格较高，反映真实交易条件）。在发生纠纷后，法院会如何判决呢？
- 查明真实交易条件：法院会首先查明双方的真实交易条件，包括股权转让的价格、支付方式、违约责任等。
- 认定阳合同无效：由于阳合同是为了逃避税收而签订的虚假合同，法院会依据《中华人民共和国民法典》第一百四十六条认定其无效。
- 认定阴合同有效：如果阴合同内容合法且符合双方真实意愿，法院会认定其有效，并据此确定双方的权利义务关系。
- 判决承担法律责任：如果因阴阳合同导致一方遭受损失或涉及逃税等违法行为，法院会判决相关责任人承担相应的民事责任、税务责任或其他法律责任。
总结与建议：
阴阳合同虽然可能带来短期利益，但潜藏巨大的法律风险。一旦纠纷发生或被发现违法，当事人将面临严重的民事、行政乃至刑事后果。因此，我建议当事人在进行股权交易或其他民事交易活动时，务必遵守法律法规和诚实信用原则，依法签订合同，避免使用阴阳合同等不正当手段规避税费或其他义务。如果遇到相关法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。