结论：购物卡上标注有效期且未在有效期内使用余额全部清零的行为，其合法性需根据具体情况判断，不一定合法。以下从不同角度进行分析：
一、从合同法的角度分析
合同成立与生效：
- 购物卡作为预付卡，消费者购买时即与商家形成了合同关系。合同内容通常包括购物卡的使用规则、有效期等条款。
- 若商家在售卡时已明确告知消费者购物卡的有效期及过期后余额的处理方式，且消费者表示接受，则该条款可能被视为合同的一部分，对双方具有约束力。
格式条款的效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。
- 若购物卡上的有效期及余额清零条款属于格式条款，商家需确保该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，且已采取合理方式提示消费者注意并按照其要求予以说明。否则，该条款可能被认定为无效。
消费者权益保护：
- 消费者在购买购物卡时享有知情权、选择权等合法权益。若商家未充分告知或故意隐瞒购物卡的有效期及余额处理方式，可能构成欺诈或侵犯消费者知情权。
- 在此情况下，消费者有权要求商家承担相应责任，如退还余额、赔偿损失等。
二、从消费者权益保护法的角度分析
消费者权益：
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，消费者在购买、使用商品和接受服务时享有人身、财产安全不受损害的权利，以及公平交易的权利。
- 商家设置购物卡有效期并规定过期后余额清零，可能被视为对消费者财产权的限制或剥夺，若未充分告知或未经消费者同意，则可能侵犯消费者的合法权益。
商家义务：
- 商家有义务向消费者提供真实、全面的信息，包括购物卡的使用规则、有效期等。
- 若商家未履行该义务，导致消费者在购买购物卡时产生误解或遭受损失，商家应承担相应责任。
三、实际操作中的建议
消费者：
- 在购买购物卡时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于有效期及余额处理方式的规定。
- 若对条款内容有疑问或不满，应及时向商家提出并寻求解决方案。
- 若商家拒绝履行义务或存在欺诈行为，可向消费者协会或相关部门投诉举报。
商家：
- 在售卡时，应明确告知消费者购物卡的有效期及余额处理方式，并确保该条款不违反法律、行政法规的强制性规定。
- 若需设置有效期及余额清零条款，应采取合理方式提示消费者注意并按照其要求予以说明，以避免引发纠纷。
总结：购物卡上标注有效期且未在有效期内使用余额全部清零的行为，其合法性需根据具体情况判断。若商家已充分告知且消费者表示接受，则该条款可能有效；但若商家未履行告知义务或条款违反法律、行政法规的强制性规定，则该条款可能无效。因此，建议消费者在购买购物卡时仔细阅读合同条款，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。