您好，关于您提出的“办理退学时班主任不在退学申请表签字是否作不作效”的问题，我可以为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，退学手续的办理通常需要遵循学校的相关规定和流程。根据我了解到的信息，以及参考《广德三中学籍管理暂行规定(试行)》中的相关内容，学生退学一般需要由学生本人提出申请，并由家长签字，然后经过年级组、教务处、德育处等相关部门的研究同意后，才能办理退学手续。

在这个过程中，班主任的角色通常是作为学生日常管理和沟通的桥梁，他们可能会参与到退学申请的初步审核或意见反馈中。然而，班主任的签字并不是退学手续生效的唯一或决定性因素。退学手续的最终生效，通常需要经过学校多个部门的审核和批准，并形成正式的退学决定或文件。

具体来说，如果班主任不在退学申请表上签字，这并不意味着退学申请就无效或不能办理。学校可能会根据其他相关部门的意见和审核结果，以及学生的实际情况和退学原因，来综合判断是否批准退学申请。当然，如果班主任对退学申请有异议或需要进一步了解情况，他们可能会与学生或家长进行沟通，但这并不影响退学手续的最终办理。

因此，我建议您在办理退学手续时，除了确保退学申请表上的信息准确无误外，还需要按照学校的相关规定和流程，逐步完成各个部门的审核和批准手续。如果班主任不在或无法签字，您可以及时与学校相关部门沟通，了解具体的办理方式和要求，以确保退学手续的顺利进行。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。