结论：交易中实际收款五千却开具九千发票的行为，是否会被抓取决于具体情节和法律定性，可能涉及行政处罚或刑事犯罪。以下从不同角度详细分析：
一、法律定性：可能构成虚开发票或逃税
虚开发票罪（刑事犯罪）
根据《刑法》第二百零五条之一，虚开发票需满足“情节严重”才构成犯罪，通常指虚开金额较大或多次虚开。若开具的九千发票与实际交易无关（如无真实货物或服务），或金额严重不符，可能被认定为虚开发票。
- 立案标准：虚开发票金额累计在40万元以上，或虚开发票100份以上，或5年内因虚开发票受过行政处罚又虚开的，公安机关应立案追诉。
- 后果：若构成犯罪，可处2年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；情节特别严重的，处2-7年有期徒刑，并处罚金。
逃税罪（刑事犯罪）
若开具九千发票的目的是少缴税款（如通过多列支出减少应纳税所得额），且逃税金额达到10万元以上且占应纳税额10%以上，可能构成逃税罪。
- 后果：可处3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；多次逃税未经处理的，按累计金额计算。
行政处罚（未达刑事标准时）
若虚开金额较小或情节轻微，不构成犯罪，但可能违反《发票管理办法》第三十七条，由税务机关责令改正，处5万元以上50万元以下罚款；有违法所得的，予以没收。
二、关键情节影响定性
发票与实际交易的关系
- 若九千发票对应真实交易（如部分货款未支付但提前开票），且税务处理合规（如按实际收款申报纳税），一般不构成违法。
- 若发票与交易无关（如虚构交易），或通过“大头小尾”方式开具（如开票方留存小金额联次，受票方持大金额联次），则风险极高。
主观目的
- 若为骗取出口退税、抵扣税款或其他非法目的，刑事风险显著增加。
- 若仅因疏忽或财务处理不当导致金额不符，且主动纠正，可能减轻处罚。
次数与金额
- 偶尔一次、金额较小的行为，通常以行政处罚为主；
- 多次虚开或金额巨大（如累计超40万元），则可能被刑事立案。
三、实务建议
立即自查整改
- 核对发票与实际交易是否一致，确保“票、货、款”三流合一。
- 若已虚开，尽快红冲发票并补缴税款，降低刑事风险。
保留证据
- 保存交易合同、付款记录、物流单据等，证明发票与实际交易相符。
咨询专业律师
- 若已被税务机关调查或公安机关立案，立即联系律师介入，避免自证其罪。
总结：五千收款开九千发票的行为，若涉及虚开或逃税且情节严重，可能被追究刑事责任；若情节轻微，则面临行政处罚。建议根据具体情节评估风险，必要时向我咨询进一步应对方案。