结论前置：法人（法定代表人）要注销公司但股东不同意时，能否注销取决于是否能满足法定条件和程序，具体来说，若能通过股东会决议解散或符合司法解散条件，即使部分股东不同意，公司仍可注销；反之，若无法满足这些条件，则可能无法注销。
一、通过股东会决议解散公司
法律依据与实施条件：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东会有权对公司的解散作出决议。对于有限责任公司，通常需经代表三分之二以上表决权的股东通过；对于股份有限公司，则需出席股东大会会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
- 若能成功召开股东会并形成有效的解散决议，即使法定代表人不同意，公司也可依法进入清算阶段，并最终完成注销手续。
实施步骤与注意事项：
- 确保股东会的召集程序、表决方式等均符合法律和公司章程的规定，以保证决议的有效性。
- 清算过程中，需依法清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、通知债权人等，确保清算工作的合法性和规范性。
二、请求人民法院解散公司
法律依据与适用条件：
- 《中华人民共和国公司法》第一百八十二条规定，当公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，且通过其他途径不能解决时，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东可以请求人民法院解散公司。
- 若公司符合法定解散情形，如持续两年以上无法召开股东会、财务困境等，且法定代表人不同意注销，股东可考虑通过司法途径解散公司。
实施步骤与潜在风险：
- 股东需收集充分证据，证明公司符合法定解散条件，并向有管辖权的人民法院提交起诉状及证据材料。
- 法院受理后会进行审理，若认定公司确实符合解散条件，将作出解散判决。但此过程可能耗时较长，且存在诉讼风险。
三、与法定代表人协商及寻求替代方案
沟通与谈判：
- 在尝试通过股东会决议或司法途径解散公司前，股东可与法定代表人进行充分沟通，了解其不同意注销的原因，并尝试达成共识。
- 双方可探讨公司未来发展前景、利益分配等问题，以寻求解决方案，如股权转让、公司重组等。
股权转让作为替代方案：
- 若注销公司的争议无法调和，股东可考虑将自己的股权转让给其他股东或外部第三方，以实现退出公司的目的。
- 股权转让需按照《公司法》和公司章程规定的程序进行，并签订股权转让协议，办理相关工商变更登记手续。
四、与行政管理部门沟通
- 在注销过程中，股东可与工商行政管理部门保持沟通，向其说明情况并寻求指导和帮助。行政部门可能会提供具体的解决方案或建议，有助于顺利推进注销流程。但需注意，行政管理部门通常不会直接干预公司内部决策，其提供的建议更多是基于程序性的指导。
综合建议：当法人要注销公司但股东不同意时，股东应首先尝试通过股东会决议解散公司，这是最为直接和高效的方式。若无法形成有效决议，且公司符合司法解散条件，可考虑请求人民法院解散公司。同时，与法定代表人的沟通和协商也是必不可少的环节，有助于寻找更为和谐的解决方案。若所有途径均无法达成一致，股权转让或公司重组等替代方案也可作为考虑。在整个过程中，务必确保所有操作均符合相关法律法规的规定，以保障自身权益并避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。