结论：对于两人一起销售4万元假冒商标商品的情况，是否应分别进行行政处罚，需结合具体案情、各自作用及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、行政处罚的基本原则与共同违法
共同违法与分别处罚：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关商标法规，若两人共同实施销售假冒商标商品的行为，且各自在违法行为中均起到一定作用，行政机关有权根据各自违法情节的轻重，分别给予行政处罚。
- 共同违法并不意味着必须统一处罚，而是应根据各自的责任大小、参与程度等因素进行区分处理。
违法所得的计算与分配：
- 销售假冒商标商品的违法所得，通常指销售金额减去成本后的净收益。在两人共同销售的情况下，违法所得可能需按各自贡献或约定比例进行分配，但这并不影响行政机关对各自违法行为的独立判断。
- 即使违法所得难以精确分配，行政机关也可根据整体销售金额、各自作用等因素，综合评估后分别确定处罚幅度。
二、具体案例中的行政处罚考量因素
各自作用与参与程度：
- 若两人在销售过程中分工明确，如一人负责进货，另一人负责销售，或一人提供资金，另一人提供场地等，行政机关会考虑各自的具体作用，对主犯或起主要作用者从重处罚，对从犯或起次要作用者从轻或减轻处罚。
- 若两人作用相当，难以区分主从，则可能根据各自参与销售的金额或比例，分别给予相近的处罚。
违法情节与后果：
- 行政机关还会考虑违法行为的情节轻重，如是否多次销售、是否造成严重后果（如消费者损害、市场秩序混乱等）等因素，来决定处罚的幅度。
- 对于情节轻微、未造成严重后果的，可能给予较轻的行政处罚；对于情节严重、造成恶劣影响的，则可能给予较重的处罚，甚至追究刑事责任。
主观故意与过错程度：
- 两人是否明知是假冒商标商品而销售，也是行政机关考虑的重要因素。若两人均存在故意，且过错程度相当，则可能分别给予相近的处罚；若一人存在故意，另一人因过失而参与，则可能对故意者从重处罚，对过失者从轻或减轻处罚。
三、行政处罚的种类与幅度
行政处罚种类：
- 根据《中华人民共和国商标法》及相关规定，销售假冒商标商品的行政处罚种类包括：责令停止侵权行为、没收侵权商品、罚款等。
- 行政机关可根据具体案情，选择适用一种或多种处罚种类。
罚款幅度的确定：
- 罚款幅度通常根据违法所得的金额、违法情节的轻重等因素确定。对于两人共同销售4万元假冒商标商品的情况，若分别处罚，罚款幅度可能因各自作用、违法情节等因素而有所不同。
- 计算公式示例（假设按违法所得比例分配罚款）：若总违法所得为4万元，一人占60%，另一人占40%，且违法情节相当，则可能分别处以2.4万元（4万×60%）和1.6万元（4万×40%）的罚款（具体罚款比例需根据法律规定和案情确定）。
四、建议与注意事项
积极配合调查：
- 若面临此类情况，建议两人积极配合行政机关的调查，如实陈述事实，提供相关证据，以便行政机关准确判断各自的责任和违法情节。
寻求法律帮助：
- 在行政处罚过程中，如有疑问或不服处罚决定，可及时寻求专业律师的法律帮助，了解自身权利和义务，维护合法权益。
遵守法律法规：
- 无论最终处罚结果如何，都应严格遵守相关法律法规，不再从事任何违法活动，以免面临更严重的法律后果。
如有进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询。