针对被害人报案指控在部队服役的人员犯罪的情况，处理方式主要依据犯罪性质、管辖权限及法律程序进行，具体如下：

1. 案件管辖的确定
   根据《刑事诉讼法》第30条及《军队保卫部门侦查犯罪细则》，若犯罪行为同时涉及军事秘密、军队内部管理或军人特定职责（如贪污贿赂、渎职、战时犯罪等），由军队保卫部门管辖；若犯罪行为与军人职责无关（如普通故意伤害、盗窃等），则由地方公安机关管辖。
   例如：军人因私人纠纷故意伤害他人，若伤害行为发生在营区外且与军事任务无关，通常由地方公安机关处理；若发生在营区内或执行任务期间，可能由军队保卫部门介入。

2. 报案与立案程序

   • 被害人报案：被害人可直接向案发地公安机关或军队保卫部门报案，需提供初步证据（如伤情鉴定、监控录像、证人证言等）。
     
   • 管辖权协调：若案件存在管辖争议（如地方与军队均认为有权处理），由上级公安机关与军队政治工作部门协商确定；必要时可报最高人民法院或中央军委政法委员会指定管辖。
     
   • 立案审查：接收报案的机关需在7日内决定是否立案，并通知报案人；若不立案，需说明理由并告知复议途径。

3. 侦查与诉讼程序

   • 军队保卫部门侦查：若由军队负责，侦查程序参照《刑事诉讼法》及军队内部规定，侦查终结后移送军事检察院审查起诉；军事检察院认为需追究刑责的，向军事法院提起公诉。
     
   • 地方公安机关侦查：若由地方负责，程序与普通刑事案件一致，侦查终结后移送地方检察院审查起诉，最终由地方法院审判。
     特殊情形：若军人犯罪涉及地方人员且案件复杂，可由军事法院与地方法院联合审理，或按最高人民法院相关规定处理。

4. 被害人权利保障

   • 知情权：被害人有权了解案件进展、管辖机关及联系方式。
     
   • 参与诉讼权：可委托律师介入，在侦查阶段申请变更强制措施（如取保候审），在审查起诉阶段提交法律意见，在审判阶段出庭陈述。
     
   • 赔偿请求权：若犯罪行为造成损失，可在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，要求赔偿医疗费、误工费等；若军人无赔偿能力，可申请国家司法救助（需符合《关于建立完善国家司法救助制度的意见》条件）。

5. 军地协作机制
   实践中，军地公安机关常通过联合办案组形式协作，尤其涉及跨区域犯罪时，可共享证据、技术资源（如DNA鉴定、电子数据取证），确保案件高效处理。

建议：若您作为被害人遇到此类情况，首先需明确犯罪行为是否与军人职责相关，以初步判断管辖机关；同时保留所有证据原件，尽快委托律师协助报案及跟进程序。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。