在离婚诉讼中，分居期间双方工资是否归各自所有且法院一般不予分割，这个问题不能一概而论，需要分情况讨论：
若分居期间双方未就财产进行特别约定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的工资、奖金、劳务报酬等财产，原则上属于夫妻共同财产。这意味着，即使双方处于分居状态，只要未办理离婚手续，分居期间所得的工资仍然属于夫妻共同财产。
- 在离婚诉讼中，法院会根据夫妻共同财产的原则，对分居期间的工资进行分割。分割时，法院会考虑双方的贡献、经济状况、子女抚养情况等因素，进行公平合理的分配。
若分居期间双方就财产进行了特别约定：
- 如果双方在分居期间签订了书面协议，明确约定分居期间的工资归各自所有，那么这种约定是具有法律效力的。根据《中华人民共和国民法典》中关于夫妻财产约定的规定，夫妻可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或者部分各自所有、部分共同所有。
- 在这种情况下，离婚诉讼中法院会尊重双方的约定，不会将分居期间的工资作为夫妻共同财产进行分割。但需要注意的是，这种约定必须是在双方自愿、平等的基础上签订的，且不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
法律建议：
- 如果您和配偶在分居期间就财产问题有特别约定，建议保留好相关证据，如书面协议、转账记录等，以便在离婚诉讼中维护自己的合法权益。
- 如果您对分居期间的财产分割有疑问或争议，建议在离婚诉讼前咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
可能法律后果：
- 如果双方未就分居期间的财产进行特别约定，且无法就财产分割达成一致意见，法院将根据夫妻共同财产的原则进行判决，可能导致一方获得较多的财产份额。
- 如果双方签订了有效的财产约定协议，但一方在离婚诉讼中反悔或否认协议内容，法院将根据协议的有效性、双方的实际履行情况等因素进行综合判断，并作出相应的判决。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他关于婚姻家庭、离婚纠纷等方面的问题，欢迎直接向我咨询。