关于进出行政机关登记身份证号码是否合法的问题，这主要涉及到对《中华人民共和国居民身份证法》的理解和应用。
首先，我们需要明确的是，身份证是证明持证人中国公民身份的法定证件，上面载有身份证号等唯一且特定的重要信息。这些信息对于个人来说具有极高的私密性和安全性要求。
在进出行政机关的场合，要求登记身份证号码，通常是为了进行身份验证、确保公共安全或履行行政管理职责。然而，这种登记行为必须严格遵守法律法规的规定，确保个人信息的合法、正当、必要收集和使用。
从法律层面分析：
合法性原则：根据《中华人民共和国居民身份证法》的相关规定，任何组织或者个人不得非法扣押他人居民身份证，同时也没有明确规定行政机关可以随意登记进出人员的身份证号码。因此，行政机关在要求登记身份证号码时，必须有明确的法律依据或行政授权。
必要性原则：即使行政机关有登记身份证号码的权力，也必须确保这种登记是必要的。例如，在涉及国家安全、公共安全或重大公共利益的情况下，可能需要进行身份验证。但在日常行政管理活动中，如简单的进出登记，通常不需要登记身份证号码。
保护个人信息原则：行政机关在收集、使用个人信息时，必须严格遵守个人信息保护的相关法律法规，确保个人信息的保密性、完整性和可用性。未经个人同意，不得随意泄露或滥用个人信息。
实际操作建议：
询问依据：如果行政机关要求您登记身份证号码，您可以询问其法律依据或行政授权，以确保其行为的合法性。
保护个人信息：在登记身份证号码时，您可以要求行政机关采取必要的保密措施，如使用加密技术存储信息、限制信息访问权限等。
拒绝非法要求：如果行政机关无法提供合法依据或要求登记的信息超出必要范围，您有权拒绝登记并可以向相关部门投诉或举报。
总结：
进出行政机关登记身份证号码的合法性取决于具体情境和法律法规的规定。在大多数情况下，简单的进出登记不需要登记身份证号码。如果行政机关要求登记，必须确保其行为的合法性、必要性和个人信息保护措施的到位。作为公民，我们有权保护自己的个人信息不受非法侵犯，并在必要时寻求法律援助或投诉举报。