结论：病假期间扣加班费一般是不合法的。病假是劳动者因身体原因需要治疗和休息的法定权利，而加班费是对劳动者额外劳动付出的补偿，两者性质不同，不能直接相互抵充或扣除。

法律背景与依据

根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条规定，职工在患病或非因工负伤治疗期间，用人单位应按规定支付病假工资或疾病救济费，且该费用不得低于当地最低工资标准的80%。这一规定明确了病假期间劳动者应享有的工资待遇，即用人单位需支付病假工资或疾病救济费，而非扣除其他费用。

加班费与病假的性质区别

加班费是劳动者在正常工作时间之外额外提供劳动所应得的报酬，是对劳动者额外劳动付出的补偿。而病假则是劳动者因身体原因需要停止工作进行治疗和休息的时间，是劳动者的一项基本权益。两者在性质上截然不同，加班费不能作为病假期间的工资替代或扣除项。

特殊情况下的合法性探讨

尽管一般情况下病假期间不能扣加班费，但如果用人单位与劳动者在劳动合同、规章制度中明确约定或规定可以用其他方式（非直接扣除加班费）来调整病假期间的工资待遇，并且该约定或规定不违反法律法规的强制性规定，同时经过了民主程序制定并向劳动者公示，劳动者也签字认可，那么在这种情况下，可能存在一定的合法性空间。然而，这种情况在实践中必须有严格的条件限制和明确的约定，否则用人单位不能擅自扣除加班费。

劳动者的权益保护与建议

如果劳动者遇到用人单位在病假期间扣除加班费的情况，首先可以尝试与用人单位协商解决，明确表达自己的权益和诉求。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在这个过程中，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、规章制度、加班记录、病假证明等，以便在需要时提供有力的支持。

可能的法律后果

如果用人单位在病假期间擅自扣除加班费，可能面临劳动监察部门的处罚和劳动者的法律诉讼。根据相关法律法规，用人单位需承担支付病假工资、加班费以及可能的赔偿金等法律责任。因此，用人单位应严格遵守法律法规，保障劳动者的合法权益。

综上所述，病假期间扣加班费一般是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在遇到不合法情况时积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。