相关部门对禁止饲养的动物，通常会根据具体情况采取没收、罚款、无害化处理或追究刑事责任等措施。具体处理方式会结合动物种类、危害程度、饲养者的主观过错等因素综合判断，以下是详细说明：

1. 没收非法饲养的动物

根据《野生动物保护法》《城市危险动物管理条例》等法规，若饲养的动物属于国家明令禁止的（如部分猛兽、剧毒蛇类、外来入侵物种等），相关部门（如林业部门、公安部门、城管部门）有权直接没收动物，并交由专业机构（如动物园、野生动物救护中心）收容或处理。
依据：例如《野生动物保护法》第四十八条规定，未经批准擅自饲养受保护野生动物的，由县级以上政府野生动物保护主管部门没收野生动物及其制品。

2. 对饲养者处以罚款

若饲养行为未造成严重后果，但违反地方性法规或部门规章（如未办理饲养许可、超出许可范围饲养），相关部门可对饲养者处以罚款。罚款金额因地区和动物种类而异，通常从数百元到数万元不等。
示例：某地规定饲养禁养犬种的，可处5000元以下罚款；若拒不改正，可能面临更高处罚。

3. 无害化处理或销毁

若动物具有高度危险性（如携带传染病、攻击性强）或属于外来入侵物种（可能破坏生态），相关部门可能直接对动物进行无害化处理（如安乐死、焚烧）或销毁，以消除公共安全隐患。
依据：例如《动物防疫法》规定，对染疫动物、病死动物需进行无害化处理，防止疫情扩散。

4. 追究刑事责任（严重情况）

若饲养行为导致严重后果（如动物伤人、传播疫情、破坏生态），饲养者可能涉嫌犯罪，需承担刑事责任。常见罪名包括：

• 以危险方法危害公共安全罪：若饲养的动物（如鳄鱼、毒蛇）逃逸并威胁他人生命安全；
  
• 非法猎捕、杀害珍贵、濒危野生动物罪：若饲养的动物属于国家一级、二级保护动物；
  
• 妨害动植物防疫、检疫罪：若隐瞒动物疫情或逃避检疫。
  

提示：若您或他人遇到禁止饲养动物的相关问题（如被没收、罚款争议，或因动物受伤），可直接向我咨询具体法律程序和维权方式。我会结合您所在地区的法规，提供针对性建议。