在被认定为是违章建筑的厂房里生产是不合法的。以下从几个角度为你详细分析：

法律定义与性质

违章建筑，通常指的是未经规划、建设等主管部门批准，擅自搭建的建筑物或构筑物。这类建筑在法律上不被认可，其存在本身就违反了城市规划、建设管理等相关法律法规。因此，在违章建筑内进行生产活动，自然也是不合法的，因为这相当于在非法场所进行经营或生产，可能面临多种法律风险。

可能的法律后果

1. 行政处罚：相关部门（如城管、规划等）有权对违章建筑进行查处，包括责令停止建设、限期拆除、罚款等。如果在违章建筑内进行生产活动，还可能因违反相关生产安全、环保等规定而受到额外的行政处罚。
2. 民事赔偿：如果因违章建筑或生产活动导致他人损害（如环境污染、安全事故等），生产者可能需要承担民事赔偿责任。
3. 刑事责任：在极端情况下，如果违章建筑或生产活动涉及严重违法行为（如非法占用农用地、重大安全事故等），生产者还可能面临刑事责任。

实际操作中的风险

1. 生产安全：违章建筑往往缺乏必要的安全设施和规范，存在较大的安全隐患。在这样环境中进行生产活动，极易发生安全事故，对员工和周边居民的生命财产安全构成威胁。
2. 环保问题：违章建筑可能不符合环保要求，生产过程中产生的废弃物、噪音等可能对环境造成污染，引发环保部门的查处和处罚。
3. 经营风险：由于违章建筑的不合法性，生产者可能面临随时被责令停产、拆除的风险，这将给生产经营带来极大的不确定性和损失。

建议与措施

1. 立即停止生产：如果目前正在违章建筑内进行生产活动，建议立即停止，并寻找合法的生产场所。
2. 咨询相关部门：了解违章建筑的具体情况和处理方式，积极配合相关部门的查处工作，争取从轻处理。
3. 合法合规经营：在未来的生产经营活动中，务必遵守相关法律法规，确保生产场所的合法性和生产活动的合规性。

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